如何将 igraph 拆分为选定的连接子图？答案

【问题标题】：How to split an igraph into select connected subgraphs?如何将 igraph 拆分为选定的连接子图？
【发布时间】：2017-07-29 09:42:00
【问题描述】：

这是对之前发布的问题的扩展： How to split an igraph into connected subgraphs?

我将使用与上一个问题相同的示例

library(igraph)
g <- simplify(
  graph.compose(
    graph.ring(10), 
    graph.star(5, mode = "undirected")
  )
) + edge("7", "8")

最初的用户想要将网络分成连接的组件。我想根据节点选择连接的组件，即我想要包含节点 9 和 2 的网络。

我认为可以使用decompose.graph(g) 完成，但我不确定如何将两个子图重新组合在一起。我需要compose.graph(sub_g1, sub_g2)之类的东西。

【问题讨论】：

标签： r igraph

【解决方案1】：

你可以使用graph.union函数：

library(igraph)

g <- simplify(
  graph.compose(
    graph.ring(10), 
    graph.star(5, mode = "undirected")
  )
) + edge("7", "8")

# IMPORTANT ! set vertex names otherwise when you split in sub-graphs you won't be 
# able to recognize them(and don't forget as.character otherwise union will fail!)
g <- set.vertex.attribute(g,'name',index=V(g),as.character(1:vcount(g)))

# decompose the graph
sub.graphs  <- decompose.graph(g)

# search for the sub-graph indexes containing 2 and 9
sub.graph.indexes <- which(sapply(sub.graphs,function(g) any(V(g)$name %in% c('2','9'))))

# merge the desired subgraphs
merged <- do.call(graph.union,sub.graphs[sub.graph.indexes])

plot(merged)

【讨论】：

【解决方案2】：

另一种方法是使用广度优先搜索：

g <- set.vertex.attribute(g,'name',index=V(g),as.character(1:vcount(g)))
#select nodes of interest:
nodes.of.interest <- c(2,9)
#find subgraphs that contain selected nodes
sel.nodes  <- bfs(g ,root = nodes.of.interest ,unreachable = FALSE)$order
#remove additional nodes:
g.sub <- induced.subgraph(g , vids = sel.nodes[!is.na(sel.nodes)])
plot(g.sub)

【讨论】：

最终使用您的答案作为graph.union 为每个合并图创建一个单独的属性，使其变得混乱。