试图用 Sun Grid Engine 找出 bash 脚本答案

【问题标题】：Trying to figure out bash scripting with Sun Grid Engine试图用 Sun Grid Engine 找出 bash 脚本
【发布时间】：2016-07-21 18:00:52
【问题描述】：

我正在尝试在 bash 脚本中使用整数变量来提交到 Sun Grid Engine（使用 qsub）。有人可以澄清为什么这不起作用吗？

NUMCORES=32

#$ -pe mpi $NUMCORES

（给出错误“由于错误而无法读取脚本文件：数值无效！字符串“$NUMCORES”的开头部分不包含十进制数字）

但这确实：

#$ -pe mpi 32

我查看了一些涉及 awk 或 bc 但似乎无法使它们起作用的解决方案。显然我是 bash 脚本的新手 - 感谢您的帮助！

【问题讨论】：

真的是 bash 脚本吗？第一行是什么？ “$NUMCORES 的初始部分不包含十进制数” 是什么意思？后面的部分是否包含小数？您将其显示为恰好包含 32 或者您不是完全真实的？
相同的脚本，还是您缺少export NUMCORES=32？

【解决方案1】：

bash 脚本中的字符# 向cmets 发出信号。因此，在#$ -pe mpi $NUMCORES 行中，不会使用环境变量NUMCORES 的值，因为它是一个注释。

然而，这些 cmets 对于将参数传递给 qsub 命令很有用。例如，请参阅 the man page 和 these examples。请注意，这些参数可以在命令行中传递：

qsub -pe mpi 32 myjob.sh

另一种方法是在 qsub 之前使用命令来生成作业。假设作业脚本jobgeneric.sh 是：

#!/bin/bash
#$ -N useless
#$ -cwd
#$ -pe mpi $NUMCORES
#$ -l h_vmem=6G

echo 42

让我们使用sed command替换环境变量并创建一个新文件job.sh：

export NUMCORES=32
sed 's/$NUMCORES/'$NUMCORES'/g' jobgeneric.sh > job.sh
cat job.sh

#!/bin/bash
#$ -N useless
#$ -cwd
#$ -pe mpi 32
#$ -l h_vmem=6G

echo 42

现在可以使用qsub job.sh提交作业！

【讨论】：