Python找到最长的ORF

【问题标题】：Python finding the longest ORFPython找到最长的ORF
【发布时间】：2020-04-09 21:55:59
【问题描述】：

谁能告诉我一个简单的解决方案，如何计算 DNA 序列中长度大于 30bp 的最长开放阅读框 (ORF)？ ATG 是起始密码子（即 ORF 的开头），TAG、TGA 和 TAA 是终止密码子（即 ORF 的结尾）。不使用 BioPython。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

这个正则表达式可能可以完成这项工作：

ATG(...){30,}(TAG|TGA|TAA)

(...) 是一个三字母密码子，与 {30,} 匹配 30 次或更多次，并在找到 (TAG|TGA|TAA) 之一时停止。

这个正则表达式可以帮助你找到所有的 ORF，现在你只需要找到最长的，这应该是微不足道的。

【讨论】：