如何使用 Biopython 获取残基中的原子

【问题标题】：How to get the atoms in the residue using Biopython如何使用 Biopython 获取残基中的原子
【发布时间】：2014-01-08 06:41:23
【问题描述】：

我正在使用 Biopython。我想找出残基中的原子。

from Bio import PDB

pdb = "1dly.pdb"
name = pdb[:3]

p = PDB.PDBParser()
s = p.get_structure(name, pdb)

y = s.get_residues()
for x in y:
    print x, x.resname

我得到了残基名称，但我需要得到残基中的原子。我该怎么做？

【问题讨论】：

标签： python biopython

【解决方案1】：

迭代 Residue object 将产生以下原子：

for res in s.get_residues():
    for atom in res:
        print atom

如果您希望从任意Entity 或Entity 对象列表中获取原子，您可能想尝试unfold_entities：

for atom in PDB.Selection.unfold_entities([res_1, res_2], target_level='A'):
    print atom

此外，Structure 对象有一个方法 get_atoms() 将产生结构中的所有原子。

【讨论】：