从特定残基获取原子坐标并计算距离答案

【问题标题】：Get atomic coordinates from specific residues and compute distances从特定残基获取原子坐标并计算距离
【发布时间】：2021-08-09 17:17:55
【问题描述】：

我正在尝试提取 PDB 文件中特定残基中原子的精确坐标。

这个想法是使用一个函数找到一个文件中半胱氨酸所有氧的坐标，找到同一个文件中组氨酸上的氮坐标，并计算它们之间的距离。

import sys
import os
os.getcwd()
filename = sys.argv[1]


def cys_ox_coord_extr():
    with open(filename, "r") as fileobj:
        content = fileobj.readlines()
        print("Cysteine's oxygen coordinates\n")
        for line in content:
            if line.startswith("ATOM"):
                if str(line.split()[3]) == "CYS" and str(line.split()[2]) == "O":
                    cys_ox = [line.split()[5], [line.split()[6], line.split()[7], line.split()[8]]]
                    print(cys_ox)

这个函数工作正常，我可以得到这个原子类型的坐标，但是，我不能在其他地方使用这些结果。

我无法在函数本身之外的任何地方调用“cys_ox”，即使使用 `return cys_ox. 但是，如果我打印它，结果会很好。

我的目标是在另一个残基中获取另一种原子类型的坐标并计算距离，但如果我不能在生成它们的函数之外使用结果，这是不可能的。

我能做什么？

谢谢！！！

【问题讨论】：

在函数外定义一个列表，并将cys_ox附加到列表中。因此列表具有全局范围，您可以在函数外部访问。否则你应该在函数的开头定义global cys_ox，这样python就知道这样的变量应该有全局范围（而不是默认的函数范围），但是你可能有很多cys_ox，所以一个列表更好。
@GiacomoCatenazzi 非常感谢！现在可以了！我有什么办法可以投票给你的答案吗？
@GiacomoCatenazzi 请将您的建议作为答案发布，以便将来对其进行投票、接受和更新。

标签： function return coordinates

【解决方案1】：

正如贾科莫建议的那样，

在函数外部定义一个列表，并将 cys_ox 附加到列表中。因此列表具有全局范围，您可以在函数外部访问。否则，您应该在函数开始时定义全局 cys_ox，因此 python 知道这样的变量应该具有全局范围（而不是默认函数范围），但是您可能有很多 cys_ox，所以列表更好。 – 贾科莫·卡泰纳齐

【讨论】：

感谢您作为已接受的答案重新发布。