读取 DICOM 并使用 matplotlib 绘图时，没有可用的图像处理程序可以解码此传输语法 JPEG Lossless答案

【问题标题】：No available image handler could decode this transfer syntax JPEG Lossless when read DICOM and ploting using matplotlib读取 DICOM 并使用 matplotlib 绘图时，没有可用的图像处理程序可以解码此传输语法 JPEG Lossless
【发布时间】：2018-06-06 17:00:25
【问题描述】：

当我在python3.6中使用pydicom时，出现了一些问题：

import pydicom
import matplotlib.pyplot as plt
import os
import pylab

filePath = "/Users/zhuangrui/Documents/Python/Dicom/dicoms/zhang_bo/0001.dcm"
dataSet_1 = pydicom.dcmread(filePath)
plt.imshow(dataSet_1.pixel_array)
plt.show()

here is the problem:

这个问题怎么解决？非常感谢！

【问题讨论】：

将您的错误信息直接发布到您的问题中，而不是图片中。

标签： macos python-3.6 pydicom

【解决方案1】：

在对上面建议的链接进行一些研究后，我也遇到了同样的问题。我设法通过更新到最新的 pydicom 模块“1.2.0”并安装 gdcm 来解决它。您可以使用更新 pydicom pip install -U git+https://github.com/pydicom/pydicom.git

您可以找到最新的 gdcm here 和 this 链接说明安装。

我用anaconda，安装gdcm包更容易解决问题。如果你使用蟒蛇只需从您的环境中输入： conda install pydicom --channel conda-forge获取pydicom的最新和

conda install -c conda-forge gdcm

获取 gdcm。这解决了问题。希望这些会有所帮助。

【讨论】：

【解决方案2】：

使用 pydicom，您还需要安装适当的图像处理程序来处理压缩图像类型。

对于 JPEG 无损，理论上以下应该可以工作：jpeg_ls、gdcm 或带有 jpeg 插件的 Pillow。所有这些都需要安装 Numpy。请参阅https://github.com/pydicom/pydicom/issues/532 的讨论。

还有一个pull request 正在进行中，以便为不同图像需要哪些图像处理程序添加更多描述性错误消息。

【讨论】：

【解决方案3】：

问题：

我试图读取带有 .dcm 扩展名的医学图像。但是在 Windows 和 Ubuntu 上都出现了错误。我找到了一种适用于两种机器的解决方案。

我在 Ubuntu 上遇到的错误是：NotImplementedError: this transfer syntax JPEG 2000 Image Compression (Lossless Only)，无法读取，因为 Pillow 缺少 jpeg 2000 解码器插件

（注意，对于 Windows，我遇到了不同的错误，但我确信这是因为相同的问题，即 Pillow 不支持 JPEG 2000 格式）

平台信息：

我正在使用：Python 3.6、Anaconda 和 Ubuntu，15 GB RAM

RAM 很重要：

我应用的方案和上面阿里解释的一样。但我想添加此安装可能需要时间（取决于您使用的 RAM）。在 ubuntu 上，我在云平台上使用 15 GB RAM 花费的时间更少，而在 Windows 上，在本地机器上使用 4 GB RAM 花费了很多时间。

解决方案

Anaconda 是必要的。为什么？ 请查看 pydicom (https://pydicom.github.io/pydicom/dev/getting_started.html) 的官方文档，其中提到“要安装 pydicom 以及压缩像素数据的图像处理程序，我们鼓励您使用 Miniconda 或 Anaconda”（注意 Windows 我遇到了不同的错误）
如果您使用的是 Ubuntu，请直接打开终端。如果您使用的是 Windows，那么在 Anaconda Navigator 上，从此处启动终端转到 Environment。对其执行以下命令：

pip install -U git+https://github.com/pydicom/pydicom.git

conda install pydicom --channel conda-forge

conda install -c conda-forge gdcm

交叉检查：

现在使用我们得到错误的.dcm 文件。尝试在 Python notebook 中使用以下代码

filename = 'FileName.dcm'
ds = pydicom.dcmread(filename)
plt.imshow(ds.pixel_array, cmap=plt.cm.bone)

它应该打印输出。也试试这个代码：

ds.pixel_array

这将为您提供包含值的数组。

【讨论】：