【问题标题】:How to convert a DICOM from Monochrome 1 to Monochrome 2?如何将 DICOM 从 Monochrome 1 转换为 Monochrome 2?
【发布时间】:2017-03-30 13:46:21
【问题描述】:

我正在处理一个包含 DICOM 图像的项目,我需要比较两个 DICOM 图像。问题是,一个是单色 1,另一个是单色 2(零分别表示白色和黑色)。如何转换这些像素强度以进行比较?我正在使用“pydicom”工具包。

【问题讨论】:

  • 您使用的是哪个 DICOM 工具包?
  • 我正在使用 pydicom

标签: image dicom image-conversion monochrome pydicom


【解决方案1】:

您的主要问题不是光度解释 (MONO1/2)。

您无法比较两个 DICOM 图像的像素强度,除非它们使用相同的比例(例如 Hounsfield 单位)。

如果你有

(0028,1052) RescaleIntercept - present with any value
(0028,1053) RescaleSlope - present with any value
(0028,1054) RescaleType - present with value "OD" or "HU"

那么就很简单了:应用线性变换:

<measured value> = <pixel value> * RescaleSlope + RescaleIntercept

可以比较测量值。

如果您将非线性模态 LUT 存储为标题中的查找表,情况也是如此,但同样的限制适用于重新缩放类型。

否则我会避免比较像素值。当然,将两张图像中的一张反转似乎很容易,但它们具有不同的光度解释这一事实告诉我,它们是通过不同的设备或技术获得的。这意味着,像素数据在视觉上是正确且可比较的,但在数学上不相关。

【讨论】:

  • 谢谢!很高兴知道这一点。我在做一些背景研究时遇到了 Hounsfield 单位,但我的印象是它们只对 CT 有效。它们也适用于普通 X 射线吗?
  • 不,他们不能。 X 射线是投影图像,因此像素包含射线所经过的所有组织的总和。 HU 指的是组织密度,因此它们在投影图像中没有意义。
  • 我明白了。有没有比较两个投影图像的像素强度的有效方法?
  • but the fact that they have different Photometric Interpretation...... 我遇到的一些 CR/DX 设备提供了设置输出类型的配置。此外,某些设备仅输出原始数据。其他应用程序(通常与设备捆绑在一起)“解释”单色 1 或 2,然后将其转换为 DICOM。
  • 我仍然声称,除非图像参考常用比例,否则它们与自身一致,但彼此不一致。例如。即使两张图像在位置、视野和检查的身体部位上完全匹配,对同一身体部位施加更高的辐射剂量也会产生不同的强度。
【解决方案2】:

如果有帮助,在使用 matplotlib.pyplot 进行可视化时,您可以使用

plt.imshow(image, cmap='gray_r')

在不改变像素值的情况下将像素反转回 Monochrome2 以进行视觉比较。

还有,

np.invert(image)

可能是一种解决方法。

【讨论】:

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