PCA 绘图 - ggfortify 和 ggplot 有什么区别？答案

【问题标题】：PCA plotting - What is the difference between ggfortify and ggplot?PCA 绘图 - ggfortify 和 ggplot 有什么区别？
【发布时间】：2021-08-14 14:31:13
【问题描述】：

我是 PCA 的新手。我正在使用来自ggfortify 和ggplot 的autoplot 绘制分数。两者具有相同的形状，但 x 和 y 轴的值不同。例如。 autoplot 在 y 轴上从 -0.2 变为 0.2，ggplot 从 -0.6 变为 -0.6。图表上的点看起来完全相同。只有轴的值发生了变化。这是为什么呢？

编辑：我不能在这里给出完整的数据，因为它很长。我试过这两个：

library(ggfortify)
pca.data <- prcomp(my_data)
autoplot(pca.data)

和

my_dataframe <- data.frame(Sample = rownames(pca.data$x),
                                       X = pca.data$x[,1],
                                       Y = pca.data$x[,2])
ggplot(data = my_dataframe, aes(x=X, y=Y, label=Sample)) +
  geom_point() +
  xlab("PC1") +
  ylab("PC2") +
  ggtitle("PCA Graph")

【问题讨论】：

你好，我认为你必须更具体一些，也许可以提供一个可重现的例子：对我来说，如果res <- prcomp(mtcars)，ggplot2::autoplot(res) 和 ggfortify:::autoplot.prcomp(res) 给出相同的结果。
我使用的是 R 版本 4.1.1、ggfortify 版本 0.4.12 和 ggplot2 版本 3.3.5
@VincentGuillemot 更新了我的问题。我正在运行最新版本。

标签： r ggplot2 pca

【解决方案1】：

根据vignette，自动绘图的缩放方式与biplot() 函数相同。如果你不想要它，你可以改用：

autoplot(pca.data, scale=0)

其中（轴标签除外）在您使用的ggplot 命令中给出相同的结果。

【讨论】：