ggplot2/ggfortify 绘制 PCA 时出错答案

【问题标题】：Errror in ggplot2/ggfortify plotting PCAggplot2/ggfortify 绘制 PCA 时出错
【发布时间】：2018-08-22 15:06:39
【问题描述】：

我在尝试使用 ggplot2 绘制 PCA（基本）图时收到以下错误消息：

绘图标签中的错误（p = p，数据 = plot.data，标签 = 标签，标签.标签 = 标签.标签，：不支持的类：princomp

该图在 R 自己的 biplot 函数 biplot(prin_comp) 中工作，所以我不确定我是否有问题要求 ggplot 执行此操作，或者是否是导致它的 PCA 输出的问题不适合ggplot。我不能发布数据（机密性问题），但它是一个相当大的数据集，如果有帮助，我可以发布 PCA 输出？

编辑：这是一个使用 mtcars 数据集的示例，结果相同：

library("ggbiplot")
data(mtcars)
View(mtcars)
pca <- princomp(mtcars, scale=1)
princomp(x = mtcars, scale = 1)

Standard deviations:
     Comp.1      Comp.2      Comp.3      Comp.4      Comp.5      Comp.6 
134.3827868  37.5472829   3.0226511   1.2860724   0.8922099   0.6530910 
     Comp.7      Comp.8      Comp.9     Comp.10     Comp.11 
  0.3037193   0.2814568   0.2467490   0.2073344   0.1952988 

 11  variables and  32 observations.


ggbiplot(pca)

plot_label 中的错误（p = p，data = plot.data，label = label，label.label = label.label，：不支持的类：princomp

同样，这适用于基础 R 的 biplot 函数。我希望获得以下类型的输出（不是下面答案中显示的图），因此使用 biplot 而不是 autoplot，如果这不明显，请道歉： biplot mtcars

在谷歌搜索或在这里搜索时找不到类似的错误，但如果其他人能找到它，我们很高兴能够链接到它。

【问题讨论】：

请see here 提出一个可重现的 R 问题，人们可以提供帮助。这包括有代表性的数据样本——不一定是你的实际数据，可以是模拟问题的常用数据集或随机数据——以及所需的所有必要代码
已编辑添加一个带有 mtcars 数据集的示例。谢谢。

标签： r ggplot2 pca ggbiplot

【解决方案1】：

试试这个；

在ggbiplot中安装和加载：

install_github("vqv/ggbiplot")
library("ggbiplot")
--Rest of your code--

双标：

ggbiplot::ggbiplot(pca)

这应该显示双标图。

（为格式化而编辑）

【讨论】：

【解决方案2】：

 Warning in install.packages :
   package ‘ggbiplot’ is not available for this version of R

很多版本的 R 都没有 ggbiplot 包。也许你可以试试其他包，比如 library("FactoMineR") library("factoextra")，你可以在这里找到一些例子：http://www.sthda.com/english/articles/31-principal-component-methods-in-r-practical-guide/112-pca-principal-component-analysis-essentials/#r-packages

【讨论】：