细化 R 中 coda 中的 mcmc 函数

Question

我对在给定数据的情况下声明 mcmc 对象的 coda 文档有点困惑。

上面写着（来自documentation on page 21）：
“同样，如果数据表示已经被细化的链，则应将细化间隔作为细化参数给出。”

目前，我计划输入到此函数的数据集已经由于细化而丢弃了样本。换句话说，如果我原来的 MCMC 链是：0 1 2 3 4 5 6，而我的细化间隔是 2，那么我打算在 coda 中提供给 mcmc 函数的数据就是 0,2,4,6。

这就是文档中已经“细化”的链条的含义吗？如果是这样，为什么我需要指定thin = 2？

换句话说，我正在争论是否应该像这样调用函数，假设 data = c(0,2,4,6)： mcmc(data,thin = 1) 还是 mcmc(data,thin = 2)？

谢谢！

Answer 1

它是mcmc(data, thin = 2)，其中 data = c(0,2,4,6)。

plot(mcmc(data, thin = 2)) 和 plot(mcmc(data, thin = 1) 会看到这个。在 thin = 1 的情况下，该图将显示更少的迭代次数。