docker run 与 conda 环境交互已激活答案

【问题标题】：docker run interactive with conda environment already activateddocker run 与 conda 环境交互已激活
【发布时间】：2020-10-12 18:39:34
【问题描述】：

我想创建一个 docker 映像，这样当您以交互方式运行它时，conda 环境已经被激活。

当前状态：

docker run -it my_image
(base) root@1c32ba066db2:~# conda activate my_env
(my_env) root@1c32ba066db2:~#

想要的状态：

docker run -it my_image
(my_env) root@1c32ba066db2:~#

更多信息：

在我的 Dockerfile 中，我包含了安装 conda、创建环境和激活环境所需的所有 RUN 命令。相关部分转载如下。

SHELL [ "/bin/bash", "--login", "-c" ]

...

# Install miniconda.
ENV CONDA_DIR $HOME/miniconda3
RUN wget --quiet https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -O ~/miniconda.sh && \
    chmod +x ~/miniconda.sh && \
    ~/miniconda.sh -b -p $CONDA_DIR && \
    rm ~/miniconda.sh
# Make non-activate conda commands available.
ENV PATH=$CONDA_DIR/bin:$PATH
# Make conda activate command available from /bin/bash --login shells.
RUN echo ". $CONDA_DIR/etc/profile.d/conda.sh" >> ~/.profile
# Make conda activate command available from /bin/bash --interative shells.
RUN conda init bash

# Create and activate the environment.
RUN conda env create --force -f environment.yml
RUN conda activate my_env

当我运行它时，conda activate my_env 似乎运行并成功了。但是当我与docker run -it交互输入时，激活的环境是(base)。

另外，我尝试让最后一个命令为CMD conda activate my_env，但它只是运行该命令并没有进入交互模式。

【问题讨论】：

标签： docker dockerfile conda

【解决方案1】：

每个RUN 语句（包括docker run）都在一个新的shell 中执行，因此不能简单地在RUN 命令中激活环境并期望它在后续RUN 命令中继续处于活动状态。

相反，您需要在 shell 初始化过程中激活环境。 SHELL 命令已更改为包含 --login，这很棒。现在您只需将conda activate my_env 添加到.profile 或.bashrc：

...
# Create and activate the environment.
RUN conda env create --force -f environment.yml
RUN echo "conda activate my_env" >> ~/.profile

请确保这是在 Conda 添加的部分之后。

【讨论】：

对于交互式容器，在 16 种不计其数的解决方案中，这是最成功的一个。非常感谢！

【解决方案2】：

我的 Dockerfile 中的以下代码符合您的描述：

# Install anaconda
RUN cd $HOME && wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh && bash Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh -b -p $HOME/miniconda
# Create env
RUN $HOME/miniconda/bin/conda init bash
RUN $HOME/miniconda/bin/conda env create -f my_env.yml
# Activate conda environment on startup
RUN echo "export PATH=$HOME/miniconda/bin:$PATH" >> $HOME/.bashrc
RUN echo "conda init bash" >> $HOME/.bashrc
RUN echo "conda activate my_env" >> $HOME/.bashrc
SHELL ["/bin/bash"]

结果：

(my_env) root@e5fe69843fa1:/#

在运行交互式容器时。

记得将my_env 的所有实例更改为您的 conda 环境的名称。

【讨论】：