Numpy、Atlas 和 Lapack答案

【问题标题】：Numpy, Atlas and LapackNumpy、Atlas 和 Lapack
【发布时间】：2013-03-13 11:26:07
【问题描述】：

我正在使用 numpy 进行一些数组操作，它目前非常慢。 matlab 中的相同操作（计算协方差矩阵）只需要一秒钟。我已经安装了 atlas 和 lapack，但我不确定我的 numpy 是否真的在使用它们。有谁知道如何检查？我用的是mac

【问题讨论】：

您能否提供更多信息（数组大小、使用的函数等）？
22277 X 520 是数组的大小，我使用的是 np.loadtxt() 和 no.cov()。他们都需要很长时间
numpy.show_config() 的输出是什么？
我明白了： blas_opt_info: define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] extra_compile_args = ['-msse3', '-I/System/Library/Frameworks/vecLib.framework/Headers'] extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl,Accelerate'] lapack_opt_info: define_macros = [('NO_ATLAS_INFO', 3)] extra_compile_args = ['-msse3'] extra_link_args = ['-Wl,-framework', '-Wl，加速']
在covX = np.cov( X, rowvar=1 ) 之后检查covX.shape 是520^2 而不是22277^2

【解决方案1】：

要让 numpy 使用 ATLAS，您要么必须

从源代码构建它，设置 site.cfg 文件以便它可以找到您的 ATLAS 库。这让我花了一天的大部分时间开始在 Gentoo 上工作（请参阅 this bug report），不幸的是，我不确定我的经验是否能很好地转化为 Mac。
查找使用 ATLAS 的预编译包。 Anaconda 或 Canopy 可能是不错的选择，尽管它们可能只在付费版本中包含优化的库 - 我不确定。

【讨论】：