指向 ATLAS/BLAS/LAPACK 库以进行 numpy 构建的正确方法？

Question

我正在 CentOS 6.5 上从源代码构建 numpy，没有 root 访问权限 (python -V=2.7.6)。我有来自 git 的最新 numpy 源代码。我一辈子都无法麻木地承认 atlas 库。我有：

ls -1 /usr/lib64/atlas

libatlas.so.3
libatlas.so.3.0
libcblas.so.3
libcblas.so.3.0
libclapack.so.3
libclapack.so.3.0
libf77blas.so.3
libf77blas.so.3.0
liblapack.so.3
liblapack.so.3.0
libptcblas.so.3
libptcblas.so.3.0
libptf77blas.so.3
libptf77blas.so.3.0

我不知道这些库是如何产生的，但我只能假设 atlas 构建会比我可以构建的任何标准 BLAS/LAPACK 构建更快。

将 numpy 指向这些库的正确方法是什么？我 export ATLAS, BLAS, LAPACK=... 是否将每个设置为其相应的路径？还是我编辑一个site.cfg 文件以包含以下内容：

[default]
library_dirs = /usr/lib64/atlas

[atlas]
library_dirs = /usr/lib64/atlas
atlas_libs = lapack, cblas, f77blas, atlas

我已经尝试了上述的几乎所有变体，每次运行python setup.py config 时，它都会告诉我在我指定的路径以及一堆其他默认搜索路径中找不到每个库。我已将运行python setup.py config 的结果与上面的site.cfg 粘贴在一起，并且此处未设置环境变量：http://pastebin.com/EL9CfaR7。任何帮助表示赞赏。

Answer 1

好的，这很简单，基本上完全遵循安装指南。我想这更多的是关于共享库之后的编号的问题，而不是关于 numpy 或 atlas 的问题。无论如何，我只需要创建一些符号链接：

ln -s /usr/lib64/atlas/___.so.3.0 $HOME/local/lib/___.so

然后删除了 site.cfg 中的所有配置并更新了我的.bashrc：

export ATLAS=$HOME/local/lib/libatlas.so
export BLAS=$HOME/local/lib/libptf77blas.so
export LAPACK=$HOME/local/lib/liblapack.so

跑完python setup.py install，好了：

>>> import numpy.distutils.system_info as si
>>> si.get_info('atlas')
    ATLAS version 3.8.4 built by mockbuild on Wed Mar 21 01:43:44 GMT 2012:
   UNAME    : Linux c6b6.bsys.dev.centos.org 2.6.32-44.2.el6.x86_64 #1 SMP Wed Jul 21 12:48:32 EDT 2010 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
   INSTFLG  : -1 0 -a 1
   ARCHDEFS : -DATL_OS_Linux -DATL_ARCH_PII -DATL_CPUMHZ=2261 -DATL_SSE2 -DATL_SSE1 -DATL_USE64BITS -DATL_GAS_x8664
   F2CDEFS  : -DAdd_ -DF77_INTEGER=int -DStringSunStyle
   CACHEEDGE: 163840
   F77      : gfortran, version GNU Fortran (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   F77FLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
   SMC      : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   SMCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
   SKC      : gcc, version gcc (GCC) 4.4.6 20110731 (Red Hat 4.4.6-3)
   SKCFLAGS : -fomit-frame-pointer -mfpmath=387 -O2 -falign-loops=4 -g -Wa,--noexecstack -fPIC -m64
{'libraries': ['lapack', 'f77blas', 'cblas', 'atlas'], 'library_dirs': ['~/local/lib'], 'define_macros': [('ATLAS_INFO', '"\\"3.8.4\\""')], 'language': 'f77'}