【问题标题】:How to use rmagic in Azure Notebooks?如何在 Azure Notebooks 中使用 rmagic?
【发布时间】:2016-08-31 16:01:39
【问题描述】:

我正在尝试从 R sn-p 中获取一些数据到 Azure Python 3 Jupyter 笔记本(在 http://notebooks.azure.com 上免费提供托管服务)。

我在 Python 3 笔记本中尝试了以下操作:

%load_ext rmagic

然后尝试嵌入R:

%%R -o x
x <- 1

然后

x

这里出现 Python 错误:name 'x' is not defined – 见下图。将 R 嵌入 Python 3 并使用 Azure Notebooks 交换数据的正确方法是什么?

Azure Notebooks http://nogin.info/R2Py.png

【问题讨论】:

    标签: python r azure jupyter


    【解决方案1】:

    @DmitryNogin,我成功重现了这个问题。根据here下面的描述,你现在需要在jupyter notebook中使用%load_ext rpy2.ipython而不是%load_ext rmagic

    rmagic 扩展已作为 rpy2.interactive.ipython 移至 rpy2。

    但是,当我在笔记本中尝试%load_ext rpy2.ipython 时,我在下面遇到了一些其他错误。

    ImportError: libRblas.so: cannot open shared object file: No such file or directory
    

    我搜索了一个解决方案,需要在 Azure 笔记本服务器上设置环境变量 LD_LIBRARY_PATHexport LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/MR0-3.3.0/R-3.3.0/lib/R/lib(我通过命令 which R 找到的路径值)。但是,主机 Ubuntu OS 没有安装 vivim 并且我不知道终端中 nbusersudo 密码,因此虽然该解决方案适用于笔记本服务器终端中的 ipython,但它无法使 jupyter 工作。

    我最后的工作解决方案是使用笔记本服务器的终端来命令ln -s /usr/lib64/MR0-3.3.0/R-3.3.0/lib/R/lib/* ~/anaconda3_410/lib/

    然后,当你输入%load_ext rpy2.ipython,你会得到一个错误ImportError ..../libreadline.so.6: undefined symbol: PC。只需在%load_ext rpy2.ipython之前输入import readline即可解决。

    最后,您可以为%R xxx 加载带有一些警告信息的rpy2.ipython

    希望对你有帮助。

    【讨论】:

    • 谢谢!我尝试了您的第二个解决方案,但import readline 给出了ImportError: libreadline.so.7: cannot open shared object file: No such file or directory!pip list | grep readline 给出了readline 6.2.4.1
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