在 ipython 的系统 shell 命令中替换循环变量答案

【问题标题】：replace loop variable in system shell command of ipython在 ipython 的系统 shell 命令中替换循环变量
【发布时间】：2015-03-09 20:23:01
【问题描述】：

我想遍历（样本名称）列表，并使用 ipython 的系统 shell 命令（“！”）对每个样本重复相同的命令。我以前做过这个没有问题，但是在这个特定的代码下不断得到一个 SyntaxError。如果您知道出了什么问题，请告诉我 - 谢谢！

这里是示例代码（实际上还有更多示例）：

samples = ["ERR007200", "ERR007204", "ERR007208"]
def remove_ambMap():
    !samtools view -q 20 -b home/pathToFile/{samp}.realn.bam | samtools sort - {samp}
for samp in samples:
    remove_ambMap()

请注意，samtools 是 $PATH 中的一个程序，如果我执行指定文件路径的命令，它可以工作 - 抱歉，这将无法重现，因为您需要安装该程序并且这些是大量基因组文件 - 我希望有人能够发现问题所在！

【问题讨论】：

你能发布 SyntaxError 吗？相同的代码（用各种内置 bash 替换 samtools）对我有用。
当然@jedwards: !samtools view -q 20 -b /home/tmsmith/data/expEvo/RGA/RGAbams/Bais/{samp}.realn.bam | samtools sort - {samp} ^ SyntaxError: invalid syntax
我过去曾让它为其他程序工作过，也许它只是这个程序特有的东西

标签： python for-loop ipython magic-function

【解决方案1】：

对于此类任务，您将使用subprocess 模块；这最简单的方法是将call 方法与shell=True 一起使用：

from subprocess import call

def remove_ambMap(samp):
    call('samtools view -q 20 -b home/pathToFile/{samp}.realn.bam '
         '| samtools sort - {samp}'.format(samp=samp), shell=True)

for samp in samples:
    remove_ambMap(samp)

【讨论】：

谢谢！我只是想知道取出 ipython 依赖项是否可以解决问题，而且似乎可以解决问题。