如何解决使用主成分分析引发的 OutOfMemoryException答案

【问题标题】：How to solve OutOfMemoryException that is thrown using principal component analysis如何解决使用主成分分析引发的 OutOfMemoryException
【发布时间】：2015-07-19 07:19:32
【问题描述】：

我正在使用 C# 开发一个项目，该项目使用主成分分析在 [,] 矩阵上应用特征缩减/维度缩减。矩阵列是从一组电子邮件中提取的特征（单词和二元组）。一开始，我们收到了大约 156 封电子邮件，产生了大约 23000 个术语，并且一切正常，使用以下代码：

public static double[,] GetPCAComponents(double[,] sourceMatrix, int dimensions = 20, AnalysisMethod method = AnalysisMethod.Center) 
{
    // Create Principal Component Analysis of a given source
    PrincipalComponentAnalysis pca = new PrincipalComponentAnalysis(sourceMatrix, method);

    // Compute the Principal Component Analysis
    pca.Compute();

    // Creates a projection of the information
    double[,] pcaComponents = pca.Transform(sourceMatrix, dimensions);

    // Return PCA Components
    return pcaComponents;
}

我们收到的组件后来使用来自 Accord.NET 框架的线性判别分析的分类方法进行了分类。一切正常。

现在我们已经增加了输出数据集的大小（1519 封电子邮件和 68375 个术语），我们最初遇到了一些 OutOfMemory 异常。我们能够通过调整代码的某些部分来解决这个问题，直到我们能够到达我们计算 PCA 组件的部分。现在这需要大约 45 分钟，这太长了。在检查了the website of Accord.NET on PCA 之后，我们决定尝试使用最后一个使用协方差矩阵的示例，因为它说：“有些用户想要分析大量数据。在这种情况下，直接在数据上计算 SVD 可能会导致内存占用异常或过多的计算时间”。因此，我们将代码更改为以下内容：

public static double[,] GetPCAComponents(double[,] sourceMatrix, int dimensions = 20, AnalysisMethod method = AnalysisMethod.Center) 
    {
        // Compute mean vector
        double[] mean = Accord.Statistics.Tools.Mean(sourceMatrix);

        // Compute Covariance matrix
        double[,] covariance = Accord.Statistics.Tools.Covariance(sourceMatrix, mean);

        // Create analysis using the covariance matrix
        var pca = PrincipalComponentAnalysis.FromCovarianceMatrix(mean, covariance);

        // Compute the Principal Component Analysis
        pca.Compute();

        // Creates a projection of the information
        double[,] pcaComponents = pca.Transform(sourceMatrix, dimensions);

        // Return PCA Components
        return pcaComponents;
    }

然而，这会引发 System.OutOfMemoryException。有谁知道如何解决这个问题？

【问题讨论】：

转到 x64 并装载更多内存？
输入数组源矩阵有多大？如果您只提供一个条目，是否也会引发异常？
我有一个四核 CPU Q9300 2.50GHz - 8GB RAM 和 64 位操作系统，所以我不确定这是否是问题所在。使用第一个代码示例计算时不会引发错误，但需要 +- 45 分钟。使用协方差矩阵应该更合适，但会引发错误。
您是否对应用进行了分析以了解内存的去向？ PCA 是一个特征值问题。您需要找到一种适用于大型完整矩阵的算法。更好的是，您可以从并行算法中受益，以减少 45 分钟的等待时间。 elpa-lib.fhi-berlin.mpg.de/wiki/index.php/Main_Page
大小是 sourceMatrix[529, 34482] （这甚至不是我现在传递的完整数据集，这是它的两倍大小）。平均值为 [34482]。

标签： c# machine-learning classification pca accord.net

【解决方案1】：

问题在于代码使用的是锯齿矩阵而不是多维矩阵。关键是 double[,] 需要分配连续数量的内存，这可能很难找到，具体取决于您需要多少空间。如果使用交错矩阵，内存分配会分散，空间更容易找到。

您可以通过升级到最新版本的框架并改用新的 API 进行统计分析来避免此问题。无需在构造函数中传递源矩阵并调用 .Compute，只需调用 .Learn() 即可：

public static double[][] GetPCAComponents(double[][] sourceMatrix, int dimensions = 20, AnalysisMethod method = AnalysisMethod.Center) 
{
    // Create Principal Component Analysis of a given source
    PrincipalComponentAnalysis pca = new PrincipalComponentAnalysis(method)
    {
        NumberOfOutputs = dimensions // limit the number of dimensions
    };

    // Compute the Principal Component Analysis
    pca.Learn(sourceMatrix);

    // Creates a projection of the information
    double[][] pcaComponents = pca.Transform(sourceMatrix);

    // Return PCA Components
    return pcaComponents;
}

【讨论】：

我正在尝试实现您提供的类。当前收到 1 个错误： eigenvectors = Matrix.Sort(eigenvalues, eigenvectors, new GeneralComparer(ComparerDirection.Descending, true));表示无法从用法中推断出类型参数。尝试隐式指定。引用 Accord.Math 命名空间
糟糕，我忘了包含这个方法。这是：gist.github.com/cesarsouza/aeb3c080c502ea5702b5

【解决方案2】：

我认为并行化您的求解器是最好的选择。

也许像 FEAST 这样的东西会有所帮助。

http://www.ecs.umass.edu/~polizzi/feast/

Parallel linear algebra for multicore system

【讨论】：