运行 rdkit.Chem.SaltRemover() 时出现 Python 参数错误。 （Python 参数类型与 C++ 签名不匹配）

Question

我正在使用RDKit 处理一些任务并且遇到了一些问题。 我正在尝试使用SaltRemover() 函数清理我的数据集，但出现ArgumentError，我无法弄清楚。

使用的代码是这样的：

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem.PandasTools import LoadSDF

A1 = LoadSDF('finaldata_A1.sdf', smilesName='SMILES')
A1 = A1['SMILES']

for mol in A1:
A1_mol = Chem.MolFromSmiles(mol)
if mol is None: continue

from rdkit.Chem import SaltRemover
remover = SaltRemover.SaltRemover(defnFormat='smiles')
A1_mol_SR = remover.StripMol(A1_mol)

运行代码后的错误信息是：

ArgumentError：Python 参数类型在 rdkit.Chem.rdmolops.DeleteSubstructs(Mol, NoneType, bool) 与 C++ 签名不匹配： DeleteSubstructs(class RDKit::ROMol mol, class RDKit::ROMol query, bool onlyFrags=False, bool useChirality=False)

Answer 1

我认为您在这里感到困惑。

至于SaltRemover，你想用defnFormat 参数实现什么？当你使用这个参数时，你还应该提供defnData，定义你想要删除的盐，即

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import SaltRemover

remover = SaltRemover(defnFormat='smarts', defnData="[Cl]")
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)

# We have stripped the Cl
res.GetNumAtoms()
[Out]: 4

如果您初始化SaltRemover，如果没有这些参数，盐定义将从file 中读取，该file 被读取为一组SMARTS 查询。当您将defnFormat 设置为'smiles' 时，您是在告诉remover 将文件作为一系列SMILES 字符串读取。当然，由于 cmets 和不正确的格式，这个文件不能被读取为 SMILES 字符串。在定义的盐中，随后有“无”对象，这就是您收到ArgumentError 的原因。在内部，rdkit 正在使用函数DeleteSubstructs，它正在传递您的查询分子和要删除的盐，现在可能是“无”。

您可能不需要定义自己的盐。如果不只是使用默认参数：

remover = SaltRemover()

# We can have a look at some of the salts
Chem.MolToSmarts(remover.salts[0])

[Out]: '[Cl,Br,I]'

# Use to strip salts
mol = Chem.MolFromSmiles('CN(C)C.Cl')
res = remover.StripMol(mol)
print(Chem.MolToSmiles(res))

[Out]: 'CN(C)C'

您的另一个问题似乎与您处理数据的方式有关。好像您要计算两次 Mol 对象？当您使用“LoadSDF”函数时，除非在 molColName 参数中指定，否则会将 Mols 添加到名称为“ROMol”的列中。你也只是想剥离一个分子？您可能应该考虑尝试将去除剂应用于 A1 数据框中的分子列。