如何在 RNN TensorFlow 中使用非常大的数据集？

Question

我有一个非常大的数据集：7.9 GB 的 CSV 文件。其中80%作为训练数据，剩下的20%作为测试数据。当我加载训练数据（6.2 GB）时，我在第 80 次迭代（第 80 个文件）有MemoryError。这是我在加载数据时使用的脚本：

import pandas as pd
import os

col_names = ['duration', 'service', 'src_bytes', 'dest_bytes', 'count', 'same_srv_rate',
        'serror_rate', 'srv_serror_rate', 'dst_host_count', 'dst_host_srv_count',
        'dst_host_same_src_port_rate', 'dst_host_serror_rate', 'dst_host_srv_serror_rate',
        'flag', 'ids_detection', 'malware_detection', 'ashula_detection', 'label', 'src_ip_add',
        'src_port_num', 'dst_ip_add', 'dst_port_num', 'start_time', 'protocol']

# create a list to store the filenames
files = []

# create a dataframe to store the contents of CSV files
df = pd.DataFrame()

# get the filenames in the specified PATH
for (dirpath, dirnames, filenames) in os.walk(path):
    ''' Append to the list the filenames under the subdirectories of the <path> '''
    files.extend(os.path.join(dirpath, filename) for filename in filenames)

for file in files:
    df = df.append(pd.read_csv(filepath_or_buffer=file, names=col_names, engine='python'))
    print('Appending file : {file}'.format(file=files[index]))

pd.set_option('display.max_colwidth', -1)
print(df)

在 6.2 GB 的 CSV 文件中有 130 个文件。

Answer 1

对于大型数据集 - 我们可能已经将 6.2GB 计算为大 - 一次读取所有数据可能不是最好的主意。由于您无论如何都要逐批训练您的网络，因此只加载您需要的数据以用于接下来要使用的批次就足够了。

tensorflow documentation 很好地概述了如何实现数据读取管道。根据链接的文档的阶段是：

1. 文件名列表
2. 可选的文件名改组
3. 可选的历元限制
4. 文件名队列
5. 文件格式的阅读器
6. 读取器读取记录的解码器
7. 可选预处理
8. 示例队列

Answer 2

我支持 Nyps 的回答，我只是还没有足够的声誉来添加评论。此外，您可能会感兴趣的是打开任务管理器或同等功能，并在运行时观察系统的已用内存。我猜当你的 RAM 完全填满时，你就会遇到错误。

TensorFlow 支持队列，它允许您一次只读取部分数据，以免耗尽您的内存。 Nyps 链接的文档中有这方面的示例。此外，TensorFlow 最近在TensorFlow Dataset docs 中添加了一种处理输入数据集的新方法。

另外，我建议将所有数据转换为 TensorFlow 的 TFRecord 格式，因为它可以节省空间，并且与在训练时将 CSV 文件转换为张量相比，可以将数据访问速度提高 100 倍以上。