【问题标题】:R package installation error (on Fedora 20)R 包安装错误(在 Fedora 20 上)
【发布时间】:2014-10-11 19:30:28
【问题描述】:

我正在尝试在 R 中安装 tm 包,但这取决于我无法安装的包 slam。下面附加的错误找不到-lRblas。我需要在我的发行版上安装什么才能获得这个库?

错误信息

    install.packages("slam")
    Installing package into ‘/home/eroche/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1’
    (as ‘lib’ is unspecified)
    trying URL 'http://cran.rstudio.com/src/contrib/slam_0.1-32.tar.gz'
    Content type 'application/x-gzip' length 46672 bytes (45 Kb)
    opened URL
    ==================================================
    downloaded 45 Kb

    * installing *source* package ‘slam’ ...
    ** package ‘slam’ successfully unpacked and MD5 sums checked
    ** libs
    gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g  -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches  -m64 -mtune=generic  -c apply.c -o apply.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches  -m64 -mtune=generic  -c grouped.c -o grouped.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches  -m64 -mtune=generic  -c sparse.c -o sparse.o
gcc -m64 -std=gnu99 -I/usr/include/R -DNDEBUG  -I/usr/local/include    -fpic  -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches  -m64 -mtune=generic  -c util.c -o util.o
gcc -m64 -std=gnu99 -shared -Wl,-z,relro -o slam.so apply.o grouped.o sparse.o util.o -L/usr/lib64/R/lib -lRblas -lgfortran -lm -lquadmath -L/usr/lib64/R/lib -lR
/usr/bin/ld: cannot find -lRblas
collect2: error: ld returned 1 exit status
make: *** [slam.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘slam’
* removing ‘/home/eroche/R/x86_64-redhat-linux-gnu-library/3.1/slam’
Warning in install.packages :
  installation of package ‘slam’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpGsb0e4/downloaded_packages’


> sessionInfo()
R version 3.1.1 (2014-07-10)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_IE.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_IE.UTF-8        LC_COLLATE=en_IE.UTF-8     LC_MONETARY=en_IE.UTF-8   
 [6] LC_MESSAGES=en_IE.UTF-8    LC_PAPER=en_IE.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_IE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

loaded via a namespace (and not attached):
[1] tools_3.1.1

【问题讨论】:

  • 我对在 c 中编译时链接文件不太了解,但我希望我可以安装一个带有正确库的程序,然后我就可以正常安装了。这可能吗?
  • 您的命令失败,找不到“Rblas”,并且 Rblas 在构建时由 R 构建。一种可能是您只是安装了 rpm 文件来运行 R,但没有针对它进行构建——请查看 FC/RH 上 R 的相关常见问题解答。
  • 谢谢德克。我使用“yum remove ^R*”卸载了 R,然后重新安装了 R,这似乎解决了我的问题。当我从 R 3.0 更新到 R 3.1 时,一定出了问题

标签: linux r gcc fedora20


【解决方案1】:

请尝试使用以下命令安装 BLAS 数学库。

yum install blas-devel

那你应该尝试重新安装 slam。

【讨论】:

  • Rblas 是 R 包本地的 Blas 版本。我认为 OP 现在可能已经安装了所有部件。
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