有没有人有python代码来计算质量加权schlitter熵

Question

我从 gromacs 生成了一个 ascii 文件（大小为 (1407675×3) 的协方差矩阵 (2055×2055) 的 dat 文件，并想使用 schlitter 方程计算熵，S=Kb/2*ln det|1 + (Kb*e*e*matrix/hbar*hbar|

但是我得到了奇怪的值，任何人已经有代码请分享或有人可以修改（或检查）下面的代码非常感谢。

 import sys, os
 import numpy as np   # Import numpy for dot products etc
 import numpy.testing as npt # Import numpy.testing for comparing numbers
 import pmx # Import pmx classes
 import math # Import maths classes (floor)
 from numpy.linalg import det


 sigma = numpy.loadtxt('covar_fit.dat')
 hbar = 1.054571628e-34 #Joules seconds
 T = 310.0 # Kelvin
 Kb = 1.3806504e-23 #Joules/Kelvin
 Euler = 2.71828
 matrix = np.resize(sigma,(2055,2055))
 k = np.identity(2055)
 mat = ((Kb*T*Euler*Euler)*matrix)/(hbar*hbar)
 m = np.array(mat)+ np.array(k)
 sign,logdet = np.linalg.slogdet(m)
 (sign, logdet)
 det = logdet
 entropy = Kb*0.5*det
 print (entropy)

Answer 1

您的代码中有一个错误 - 方程式中的 e 不是指数 (2.71828)，而是电子电荷。

e²/(hbar*c) ~ 1/137（又名精细结构常数）