如何从 NumPy 数组中删除所有零元素？答案

【问题标题】：How do I remove all zero elements from a NumPy array?如何从 NumPy 数组中删除所有零元素？
【发布时间】：2023-03-10 21:58:01
【问题描述】：

我有一个 rank-1 numpy.array 我想制作一个箱线图。但是，我想排除数组中所有等于零的值。目前，我通过循环数组来解决这个问题，如果不等于零，则将值复制到一个新数组中。但是，由于数组包含 86 000 000 个值，而且我必须多次这样做，这需要很大的耐心。

有没有更智能的方法来做到这一点？

【问题讨论】：

标签： python arrays numpy filtering

【解决方案1】：

[i for i in Array if i != 0.0] 如果数字是浮点数或 [i for i in SICER if i != 0] 如果数字是整数。

【讨论】：

您的解决方案可能不如 numpy 高效，同时处理这两种类型您可以这样做[i for i in Array if i > 0]

【解决方案2】：

我决定比较这里提到的不同方法的运行时间。为此，我使用了我的库 simple_benchmark。

array[array != 0] 的布尔索引似乎是最快（也是最短）的解决方案。

对于较小的数组，与其他方法相比，MaskedArray 方法非常慢，但与布尔索引方法一样快。但是对于中等大小的数组，它们之间并没有太大区别。

这是我使用的代码：

from simple_benchmark import BenchmarkBuilder

import numpy as np

bench = BenchmarkBuilder()

@bench.add_function()
def boolean_indexing(arr):
    return arr[arr != 0]

@bench.add_function()
def integer_indexing_nonzero(arr):
    return arr[np.nonzero(arr)]

@bench.add_function()
def integer_indexing_where(arr):
    return arr[np.where(arr != 0)]

@bench.add_function()
def masked_array(arr):
    return np.ma.masked_equal(arr, 0)

@bench.add_arguments('array size')
def argument_provider():
    for exp in range(3, 25):
        size = 2**exp
        arr = np.random.random(size)
        arr[arr < 0.1] = 0  # add some zeros
        yield size, arr

r = bench.run()
r.plot()

【讨论】：

【解决方案3】：

在这种情况下，您想使用掩码数组，它会保持数组的形状，并且会被所有 numpy 和 matplotlib 函数自动识别。

X = np.random.randn(1e3, 5)
X[np.abs(X)< .1]= 0 # some zeros
X = np.ma.masked_equal(X,0)
plt.boxplot(X) #masked values are not plotted

#other functionalities of masked arrays
X.compressed() # get normal array with masked values removed
X.mask # get a boolean array of the mask
X.mean() # it automatically discards masked values

【讨论】：

文档链接：docs.scipy.org/doc/numpy/reference/routines.ma.html

【解决方案4】：

您可以使用布尔数组进行索引。对于 NumPy 数组A：

res = A[A != 0]

你可以像上面那样使用Boolean array indexing，bool类型转换，np.nonzero，或者np.where。以下是一些性能基准测试：

# Python 3.7, NumPy 1.14.3

np.random.seed(0)

A = np.random.randint(0, 5, 10**8)

%timeit A[A != 0]          # 768 ms
%timeit A[A.astype(bool)]  # 781 ms
%timeit A[np.nonzero(A)]   # 1.49 s
%timeit A[np.where(A)]     # 1.58 s

【讨论】：

【解决方案5】：

一行简单的代码就可以得到一个排除所有“0”值的数组：

np.argwhere(*array*)

示例：

import numpy as np
array = [0, 1, 0, 3, 4, 5, 0]
array2 = np.argwhere(array)
print array2

[1, 3, 4, 5]

【讨论】：

np.argwhere 只返回非零元素的索引
所以这个数组，幸运的是，碰巧似乎满足了这个问题，但具有误导性。根据 argwhere 的结果，您可以重构非零数组，但这是一个额外的步骤。

【解决方案6】：

我建议您在这种情况下简单地使用NaN，在这种情况下，您希望忽略一些值，但仍希望保持过程统计尽可能有意义。所以

In []: X= randn(1e3, 5)
In []: X[abs(X)< .1]= NaN
In []: isnan(X).sum(0)
Out[: array([82, 84, 71, 81, 73])
In []: boxplot(X)

【讨论】：

啊，这里用NaN确实比较合适，谢谢。因此，我不再需要将我的数据复制到具有不同大小的新数组，但我可以保留原始数组以及数组中的这样的位置。谢谢！
您是否知道一种使用列表理解来循环它的方式？即我有一个字典a 其中a[k] 是一个NumPy 数组所以我想做[a[k][abs(a[k])<.1]=float('NaN') for k in data] 但这似乎在循环中失败了，而只有在循环中执行命令似乎工作...
@rubae：我认为您应该提出一个与此列表理解问题相关的单独问题。不幸的是，弄清楚你的实际目标不再那么简单了:(。据我所知；不要被列表理解所迷惑，也许你只是在寻找像这样简单的东西：for k in data: a[k][abs(a[k])< .1]= NaN ?

【解决方案7】：

对于 NumPy 数组 a，可以使用

a[a != 0]

提取不等于零的值。

【讨论】：

非常感谢，这确实工作得更快（！）。是否可以在更高级别的 NumMpy 数组或矩阵上执行类似的操作？因为这里出现了dimenions将不再正确匹配的问题...
@rubae：如果a 具有更高的维度，则结果将是一个扁平的（一维）数组。也可以删除全为零的列或行。
...其中a 是np.array。这不适用于内置的 python 数组。