将数组发送到 pbs 脚本答案

【问题标题】：Send array to pbs script将数组发送到 pbs 脚本
【发布时间】：2017-09-13 11:17:04
【问题描述】：

我有一个 bash 脚本，它使用多个变量调用 qsub：

group=group_1
normals=$(IFS=,; echo *.txt)

qsub -v VAR1=$group,VAR2=${normals[@]} [...] run_script.pbs

run_script.pbs

#PBS -l nodes=1:ppn=16  
#PBS -l walltime=2:00:00  
#PBS -l mem=10GB

group=$VAR1
normals=$VAR2

echo ${normals[@]}

在这种情况下，数组 normals 包含多个文件名，但是当我尝试在 .pbs 脚本中访问这些文件时，只会打印第一个。

在 .pbs 脚本中传递和访问数组的正确方法是什么？

【问题讨论】：

标签： bash pbs

【解决方案1】：

您不将文件列表存储在数组中。您只是在执行命令替换语法$(..) 并将输出存储在变量的上下文中并尝试将其作为数组访问。

获取文件列表（不需要$(..)）并将其存储在数组中的正确方法是，

shopt -s nullglob
fileList=(*.txt)

oldIFS="$IFS"
IFS=,
printf -v var_list "%s" "${fileList[*]}"
IFS="$oldIFS"
shopt -u nullglob

nullglob 选项用于处理*.txt 未返回当前文件夹中的任何文件的情况。不包括会在控制台上吐出一些错误。当我们不再需要该选项集时，我们使用 -u 取消设置它。

使用printf支持的-v选项，您可以将逗号分隔格式的数组输出直接存储到变量var_list中

现在您可以将包含逗号分隔格式文件列表的$var_list 传递给您想要的命令。

qsub -v VAR1=$group,VAR2="${var_list}"

【讨论】：