使用 qsub 运行具有唯一名称的多个作业

Question

我有一堆同名的文本（输入）文件

foo_bar_abc_1_01_geh_file.in
foo_bar_abc_1_02_geh_file.in
foo_bar_abc_1_03_geh_file.in
...
...
foo_bar_abc_1_1000_geh_file.in

我使用以下命令来运行这些多个作业（在 HPC 集群中）

for f in foo*.in; do qsub -N test -v infile=$f run.pbs

这个单行脚本的问题是队列中的所有作业的作业名称（在集群中）都是相同的（即，测试是所有作业的名称）。

我想将每个作业命名为 test01、test02、test03...test1000（从相应文件名中提取/提取的数字。例如，

   #For foo_bar_abc_1_01_geh_file.in, the Job Name should be test01,   
   #For foo_bar_abc_1_02_geh_file.in, the Job Name should be test02,   
   #For foo_bar_abc_1_100_geh_file.in, the Job Name should be test100,
   etc.

这个是bash怎么做的？

Answer 1

你可以用cut点赞

for f in foo*.in; do qsub -N test$(echo $f|cut -d_ -f5) -v infile=$f run.pbs; done

在哪里

• -d_ 将分隔符设置为 _ 和
• -f5 仅选择第 5 列（即作业编号）