如何为qsub提交的作业指定一个固定的作业名答案

【问题标题】：How to specify a fixed job name for jobs submitted by qsub如何为qsub提交的作业指定一个固定的作业名
【发布时间】：2014-09-05 23:52:05
【问题描述】：

通过 qsub 提交时，我使用 -N 选项指定作业的名称。然而，qsub 会在作业名称之后添加一些数字字符串，如手册页中所述：默认情况下，标准输出的文件名具有形成 job_name.ojob_id 和 job_name.ojob_id.task_id 为数组作业任务（参见下面的 -t 选项）。

因此，每当我提交具有相同作业名称的新作业时，都会在作业名称中添加一个新的后缀 .ojob_id 并创建一个新的输出文件。

我试图实现的是每次通过 qsub 提交作业时都有相同的输出文件。我怎样才能做到这一点？我必须多次运行作业，并且我希望运行的输出覆盖上一次运行中生成的输出文件。我怎样才能做到这一点？请看下面的例子：

第一次命令运行脚本hello_world输出到log_hello_world：

qsub -cwd  -N log_hello_world    hello_world.sh

它创建两个输出文件：

log_hello_world.e7584345
log_hello_world.o7584345

第二次给出相同的命令：它又创建了两个输出文件

log_hello_world.e7584366
log_hello_world.o7584366

我该怎么做才能在一个文件中获得输出log_hello_world。

【问题讨论】：

标签： qsub

【解决方案1】：

我能够通过使用选项 -o 和 -e 分别保存日志和错误文件来解决此问题。使用这些选项，作业中的日志和错误每次都通过此命令写入同一个文件。

qsub -cwd  -N job_hello_world  -o log.hello_world -e error.hello_world  hello_world.sh

【讨论】：

【解决方案2】：

您应该附加一个具有固定名称的文件。这是在您运行的代码中完成的。您在目录中创建一个文件，然后在每次运行代码时将新结果附加到该文件中。因此，在您的代码中（不是在 qsub 行中），显式添加一行代码，要求将结果写入您目录中的文件，在 Mathematica 中，这将是

str = OpenAppend["/home/my_name/Scratch/results.dat"];
Write[str,results];
Close[str];

results 是一个包含计算结果的变量。然后使用qsub -N log_hello_world hello_world.sh 运行作业。这将在您每次运行作业时将结果写入同一个文件，而无需更改文件名。（如果您希望将 -o 和 -e 文件写入同一个文件，您可以在指定错误文件的文件路径后将 -j y 添加到 qsub）

【讨论】：