来自 genfromtxt 的数组作为序列传递？答案

【问题标题】：an array from genfromtxt is being passed as a sequence?来自 genfromtxt 的数组作为序列传递？
【发布时间】：2016-10-11 16:21:49
【问题描述】：

我在形状中有一个坐标列表及其各自的错误值：

# Graph from standard correlation, page 1
1.197   0.1838  -0.03504    0.07802 +-0.006464  +0.004201
1.290   0.2072  -0.04241    0.05380 +-0.005833  +0.008101

其中的列表示x,y,lefterror,righterror,buttomerror,toperror我将文件加载为error=np.genfromtxt("standard correlation.1",skip_header=1)，最后我尝试将其绘制为

xerr=error[:,2:4]
yerr=error[:,4:]
x=error[:,0]
y=error[:,1]
plt.errorbar(x,y,xerr=xerr,yerr=yerr,fmt='')

当我尝试运行它时会大喊ValueError: setting an array element with a sequence.，我知道当您将诸如列表之类的对象传递给期望一个numpy数组对象的参数时会出现此错误，我不知道该怎么做修复这个问题，因为 np.genfromtxt 应该总是返回一个 ndarray。

感谢您的帮助。

编辑：我更改了文件以删除“+”字符，因为读取“+-”会在底部错误列中产生 NaN 值，但我仍然得到相同的错误。

【问题讨论】：

打印error。还向我们展示它的shape 和dtype。使用genfromtxt 时，最好先看看它产生了什么，然后再尝试使用它。
使用print np.shape(x),np.shape(y),np.shape(xerr),np.shape(yerr), type(datos) 我也得到(30,) (30,) (30, 2) (30, 2) <type 'numpy.ndarray'>，错误就在我上面指定的 plt.errorbar() 上

标签： python arrays numpy matplotlib errorbar

【解决方案1】：

感谢 hpaulj，我注意到误差线的形状为 (30,2)，但是 plt.errobar() 预计形状为 (2,n) 的错误数组，因为 python 通常在类似操作中转置矩阵并自动避免此问题我认为它也会这样做，但我决定按以下方式更改线路：

xerr=error[:,2:4]
yerr=error[:,4:]

进入

xerr=np.transpose(error[:,2:4])
yerr=np.transpose(error[:,4:])

这使得脚本运行正常，虽然我仍然不明白为什么以前的代码给了我这样的错误，如果有人能帮我解决这个问题，我会很感激。

【讨论】：

【解决方案2】：

numpy 预期单个误差线的数组形状是(2, N)。因此，您需要转置您的数组error[:,2:4].T 此外，matplotlib.errorbar 了解与数据相关的这些值。如果 x 是值，(xmin, xmax) 是相应的错误，则错误栏从 x-xmin 变为 x+xmax。因此，错误栏数组中不应有负值。

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt

f = "1   0.1  0.05    0.1 0.005  0.01" + \
   " 1.197   0.1838  -0.03504    0.07802 -0.006464  0.004201 " + \
   " 1.290   0.2072  -0.04241    0.05380 -0.005833  0.008101" 
error=np.fromstring(f, sep=" ").reshape(3,6)
print error
#[[ 1.        0.1       0.05      0.1       0.005     0.01    ]
# [ 1.197     0.1838   -0.03504   0.07802  -0.006464  0.004201]
# [ 1.29      0.2072   -0.04241   0.0538   -0.005833  0.008101]]

xerr=np.abs(error[:,2:4].T)
yerr=np.abs(error[:,4:].T)
x=error[:,0]
y=error[:,1]
plt.errorbar(x,y,xerr=xerr,yerr=yerr,fmt='')
plt.show()

关于值错误，可能是+-问题引起的。

【讨论】：