用于脑部 MRI 的调情配准工具提供了令人难以置信的结果答案

【问题标题】：Flirt registration tool for brain MRI gives incredible results用于脑部 MRI 的调情配准工具提供了令人难以置信的结果
【发布时间】：2020-05-30 11:03:34
【问题描述】：

我有一个脑部 MRI，其中包含来自这个角度的切片：

我正在使用名为Flirt 的脑部 MRI 的注册工具。该代码也可用于 Python

我尝试使用取自另一位患者且角度不同的脑部 MRI 作为参考 MRI。这是从这个 MRI 中截取的切片（所有文件都是 nifti 格式）：

现在，魔法发生了。将第一个 MRI 作为配准工具的输入，最后一个 MRI 作为参考 MRI

结果是配准工具 (Flirt) 的输出是 MRI，其中切片具有此角度：

因此，配准工具似乎从输入 MRI 中提取了参考 MRI 的角度。这难以置信。这怎么可能？

【问题讨论】：

欢迎来到 Stack Overflow！请使用tour 并阅读How to Ask。请edit 发布您自己的努力来解决这个问题。后者最好在代码中，这称为minimal reproducible example。

标签： python registration neuroscience nifti mri

【解决方案1】：

您使用什么包装器来转换 dicom 图像？ dcm2niix 包装器将自动应用转换以正确定位它。调情是一个强大的工具，可以很好地注册。许多预处理管道（例如 fmriprep）已经在使用它。我对它如何解释图像的倾斜很感兴趣。查看此处https://fsl.fmrib.ox.ac.uk/fsl/fslwiki/FLIRT/UserGuide 的使用页面，它看不到任何关于角度的内容。我想知道它是否只是覆盖了 MNI 模板上每个体素的激活。首先定位 nifti 图像然后再次运行它是一个很好的测试。
您可以为无方向和有方向的图像创建一个蒙版，然后使用分割程序检查特定 ROI 中的体素计数，以查看两个蒙版是否相同。

我很想看看你发现了什么！

【讨论】：