使用 python-igraph 从选定的顶点生成子图答案

【问题标题】：subgraph from selected vertices using python-igraph使用 python-igraph 从选定的顶点生成子图
【发布时间】：2015-03-16 16:32:20
【问题描述】：

我正在尝试创建一个修剪过的子图，其中包含来自具有高中介中心性的图的顶点。

这是我的方法：

>>> import igraph as ig
>>> import numpy as np

>>> ig.summary(graph)
IGRAPH DNW- 9358 35488 -- 
+ attr: id (v), label (v), name (v), weight (e)

>>> btwn = graph.betweenness(weights='weight')
>>> ntile = np.percentile(btwn, 95)
>>> pruned_vs = graph.vs.select([v >= ntile for v in btwn])
>>> pruned_graph = graph.subgraph(pruned_vs)

一切运行良好。但是，生成的子图构造不正确。

>>> ig.summary(pruned_graph)
IGRAPH DNW- 0 0 -- 
+ attr: id (v), label (v), name (v), weight (e)

我尝试将implementation 属性更改为subgraph，但这并没有帮助。我错过了什么？

【问题讨论】：

标签： python igraph

【解决方案1】：

此行不正确：

pruned_vs = graph.vs.select([v >= ntile for v in btwn])

您作为参数传递给select() 的列表推导返回一个布尔向量，graph.vs.select() 不支持该向量 - 您需要传递一个包含要选择的节点索引的向量。这可以按如下方式完成：

pruned_vs = graph.vs.select([v for v, b in enumerate(btwn) if b >= ntile])

【讨论】：

谢谢，原来如此！