【问题标题】：Having trouble uploading .vcf file into plink将 .vcf 文件上传到 plink 时遇到问题
【发布时间】：2021-12-06 10:07:19
【问题描述】：
我对编码和使用 plink 很陌生，目前在尝试将我的 vcf 文件上传到 plink 命令提示符时遇到问题。
我输入了：
plink --vcf [PD630.vcf]
但是得到了这个错误：
错误：无法打开 [PD630.vcf]。 （--vcf 需要完整的文件名；您是否忘记了末尾的 .vcf？）
但是，我已经在括号中输入了多次完整准确的文件名。
【问题讨论】：
标签：
command-line
bioinformatics
vcf-variant-call-format
【解决方案1】：
我认为您对使用说明的理解过于严格了。
在写出命令行参数时使用方括号来表示可选参数是很常见的，因此--vcf [filename] 的意思是“--vcf 开关后面可以选择跟随一个文件名”。方括号不需要按字面意思输入，输入它们会使程序查找名称中包含方括号的文件。
所以你可能只想要plink --vcf filename.vcf，而不是plink --vcf [filename.vcf]。