将文件输入 plink 时遇到问题答案

【问题标题】：Having trouble inputting files into plink将文件输入 plink 时遇到问题
【发布时间】：2019-07-25 14:06:33
【问题描述】：

我在简单地将文件输入 plink 时遇到问题（我对编码很陌生）。目前，我只是想在plink中制作一个床文件

我最近运行了一个 HD SNP Array 来寻找拷贝数变异。在我尝试将 ped 和 map 文件输入到 plink 之前，一切似乎都很好。最初我收到“.ped 文件中的一半缺失调用”的错误消息，但是当我检查文件行时，我看不到任何问题，即在错误消息中注明的位置，有一个 0/0。

经过多次尝试解决这个问题，我被建议尝试使用 vcf 格式的文件并将这些文件输入 plink。我现在收到一条不同的错误消息：

.vcf 文件第 533890 行的变体 bp 坐标无效

我搜索了整个互联网，但没有找到任何解决方案

这是我要运行的代码行：

/data1/_software/plink/plink --vcf RBV_MNEc670_BPW_NoPQC.vcf --make-bed --out SNP_array_bed --horse --no-pheno --no-sex --no-parents --no-fid

我知道我想制作一个床文件，而且我很确定我没有犯任何语法错误。我当前的错误信息如下：

检测到 257665 MB RAM；为主工作区保留 128832 MB --vcf：533k 变体完成。错误：.vcf 文件第 533890 行的变体 bp 坐标无效。

我们将非常感激任何帮助！

【问题讨论】：

标签： genetics vcf-variant-call-format

【解决方案1】：

如果有人遇到过我的类似问题，我终于解决了我的问题。

由于某种原因，导出 vcf 文件产生了一个奇怪的问题，其中一些未调用的变体，而不是 0/0，而是 ./.。

例如：

0   AX-102948208    N   N   .   PASS    UNKNOWNPOSITION;CR=100;ConversionType=PolyHighResolution    GT  ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./. ./.

我仍然不知道为什么会发生这种情况，但是快速使用 grep 命令删除了这些变体，并且我能够成功地将文件输入到plink。

希望这可以帮助其他人摆脱困境。

【讨论】：

【解决方案2】：

我建议使用另一个名为 --vcf-half-call <mode> 的选项来处理错误：.ped 文件中的半缺失调用变体。

更多信息请查看this link

【讨论】：