使用 read_chunk('foo.R') 的 Lyx+knitr 代码外部化失败

Question

我正在尝试使用 read_chunk() 将我的 R 代码与我的 Lyx 文件分开，如 here 所述。

我的 Lyx 设置从 knitr_minimal.lyx 编译 knitr_minimal.pdf 没有任何问题。

但后来我尝试替换这个：

<<boring-random>>=
set.seed(1121)
(x=rnorm(20))
mx <- mean(x)
vx <- var(x)
@

x 的第一个元素是 \Sexpr{x[1]}。它的平均值是 \Sexpr{mx}。

用这个：

<<boring-random, cache=FALSE>>=
read_chunk('minimal.R')
@

x 的第一个元素是 \Sexpr{x[1]}。它的平均值是 \Sexpr{mx}。

脚本minimal.R保存在同一目录下，仅包含

set.seed(1121)
(x=rnorm(20))
mx <- mean(x)
vx <- var(x)

我将修改后的文件保存为knitr_minimal1.lyx 并编译它。文件knitr_minimal1.pdf 编译正常，但不是

x 的第一个元素是 0.145。它的平均值是 0.3217。

我明白了

x 的第一个元素是 Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'x' not found。它的意思是 eval(expr, envir, enclos) 中的错误：找不到对象“mx”。

如果有任何建议，我将不胜感激。

Answer 1

你必须在minimal.R中为你的代码添加一个标签，对应你LyX文档中的块标签，否则knitr不知道在哪里插入代码。

## @knitr boring-random
set.seed(1121)
(x=rnorm(20))
mx <- mean(x)
vx <- var(x)

如果你打开knitrweb page中的R脚本，你会看到几行## @knitr label形式的cmets。我将更新网页以澄清这一点。有另一种指定标签的方法，在?knitr::read_chunk 中有记录。

您的 LyX 文档的第二个问题是您将 read_chunk() 放入了 boring-random 块中，但您确实需要在将其插入块之前 阅读代码。

<<setup>>=
read_chunk('minimal.R')
@
<<boring-random>>=
@