在 Lyx 中使用 Knitr 绘图

Question

我正在尝试在 Lyx 中使用 Knitr 进行绘图。当我跑步时

<<>>=
install.packages("ggplot2")
library(ggplot2)
qplot(y=y, x=1:1000, main = 'Log-Likelihood')
@

我得到了错误

LaTeX Error: File `figure/unnamed-chunk-6.eps.bb' not found.

我尝试在起始括号中包含扩展名，但没有成功。如何获得我的情节？

---

按照第一个答案，尝试了这个：

定义函数（没那么重要，只是为了说明我如何得到 y）

<<>>=
exp.loglik <- function(lambda, obs){   
    xbar = mean(obs)   
    return(length(obs)*log(lambda)-lambda*xbar) 
}
@

定义 y（不是那么重要，只是包括说明如何定义 y）

<<>>=
y = rep(NA,1000) 
for (i in 1:1000){   
    y[i] = exp.loglik(lambda=i/10000, obs=diet_data$survtime)   
}
@

运行后出现错误的代码（注意我按照说明在纯R中安装了包）

<<warning=FALSE, message=FALSE, echo=FALSE>>=
library(ggplot2)
qplot(y=y, x=1:1000, main = 'Log-Likelihood')
@

同样的错误：LaTeX 错误：找不到文件“figure/unnamed-chunk-6.eps.bb”。

Answer 1

首先，单独安装包，在纯 R 中运行 install.packages。 其次，你没有定义y。

这是一个生成绘图但不显示 R 代码、警告或消息的最小示例：

<<warning=FALSE, message=FALSE, echo=FALSE>>= 
library(ggplot2) 
qplot(y=10:1, x=1:10, main = 'Log-Likelihood') 
@

---

编辑：

我正在运行以下代码：

<<>>= 
exp.loglik <- function(lambda, obs) {        
  xbar = mean(obs)        
  return(length(obs)*log(lambda)-lambda*xbar)  
}
@

<<>>= 
y = rep(NA,5)  
for (i in 1:5) {        
  y[i] = exp.loglik(lambda=i/5, obs=runif(5))    
} 
@

<<warning=FALSE, message=FALSE>>= 
library(ggplot2) 
qplot(y=y, x=1:5, main = 'Log-Likelihood') 
@

然后我得到一张照片。您的代码是否在干净的 R 中工作？只需重新运行它以确保它是。如果那里一切正常，那么它可能与 LATEX/knitr 安装有关。