在 ggboxplot 中使用下标答案

【问题标题】：Using subscript in ggboxplot在 ggboxplot 中使用下标
【发布时间】：2019-12-07 16:01:12
【问题描述】：

我正在尝试绘制一些数据，我的一个实验组名为 SiO₂。我使用 read.table 加载 .txt 数据表，然后使用 colnames()

colnames(cells_df2) <- c("ID","Ctrl","SiO\u2082","pSLG","fSLG")

这是我的数据的一个子集。

head(cells_df2)
ID     Ctrl  SiO2     pSLG     fSLG
1  1  5.68565  9.48 14.77580 33.04500
2  2  6.79996 32.00 14.35580 33.04500
3  3 21.77180  8.14 16.49780  7.61765
4  4 16.30750  8.14  1.87977  7.61765
5  5 11.16920 19.20  5.54189 28.47990
6  6 11.31430  8.26 15.59490 28.47990

然后，我gathered 这个data.frame

Cells_tidy3<-gather(cells_df2,"group","ym",-ID)
  ID group       ym
1  1  Ctrl  5.68565
2  2  Ctrl  6.79996
3  3  Ctrl 21.77180
4  4  Ctrl 16.30750
5  5  Ctrl 11.16920
6  6  Ctrl 11.31430

最后我把它们画出来了

ggboxplot(Cells_tidy3,"group","ym")

我曾尝试使用expression、parse、stringi 包但结果很少。

如果我要capabilities()

jpeg         png        tiff       tcltk         X11        aqua    http/ftp 

TRUE        TRUE        TRUE        TRUE       FALSE       FALSE`    TRUE 

sockets      libxml        fifo      cledit       iconv         NLS   profmem

TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

cairo         ICU long.double     libcurl 

TRUE        TRUE        TRUE        TRUE

然后我尝试了：

png()
ggplot(az, aes(x = "SiO\u2082", y = value)) + 
geom_boxplot() +
xlab("")
dev.off()

导致此图的原因

【问题讨论】：

用str(az)检查你的数据，看看数值列是作为数字还是因子读入的。
这是结果 data.frame': 4 obs。 2 个变量：$ SiO2：因子 w/ 1 级“ciao”：1 1 1 1 $ 值：int 1 2 3 4
所以你正在绘制一个因子的箱线图（不是条形图），ciao 只有一个级别，它的所有值都是相等的。这就是你得到那个情节的原因。
@RuiBarradas 如果你愿意，我可以用真实数据集代替这个例子
我的问题是如何获得SiO₂而不是SiO□

标签： r ggpubr

【解决方案1】：

以下作品。它使用ggplot 后跟geom_boxplot，而不是ggpubr::ggboxplot。

library(ggplot2)

az <- subset(iris[5:4], Species == "virginica")
az[[1]] <- droplevels(az[[1]])
names(az) <-c("SiO\u2082","value")

ggplot(az, aes(x = "SiO\u2082", y = value)) + 
  geom_boxplot() +
  xlab("")

使用包ggpubr，问题在于您如何gathered 数据。列"value" 变成了一个列，其值为az 中的前一个列名，即"ciao"。

library(tidyr)
library(ggpubr)

azz <- az %>% gather(group, key, -value)
ggboxplot(azz, x = "group", y = "value")

【讨论】：

@pietroesposito 不，不是作为评论，请在问题中。并通过ggpubr查看编辑。
如果我同时使用你的代码，ggplot 和 ggpubr 我得到 SiO□
@pietroesposito 如您所见，两个图都正确显示了下标，因此您的系统一定有问题。 capabilities() 返回什么？如果您在绘图前使用png() 和紧随其后使用dev.off() 写入设备，那么图形文件中有什么内容？
我用您要求的信息重新编辑了我的问题。
@pietroesposito 这似乎是一个系统问题。试试安装X11？另外，看看这些帖子是否有帮助：R-bloggers、SO 1 或 2。