使用 ggboxplot 定位选定的 p 值答案

【问题标题】：Positioning of selected p values using ggboxplot使用 ggboxplot 定位选定的 p 值
【发布时间】：2019-10-20 12:50:45
【问题描述】：

我以 mtcars 数据集为例来运行下面的代码。

library(ggplot2)
library(ggpubr)
ggboxplot(mtcars, x = "cyl", y = "drat", fill = "cyl", 
          facet.by = "am", width = 0.5, outlier.shape = NA, 
          bxp.errorbar = TRUE, bxp.errorbar.width = 0.2) + 
  stat_compare_means(aes(label = ifelse(p < 1.e-4, 
                                        sprintf("p = %2.1e", as.numeric(..p.format..)), 
                                        sprintf("p = %5.4f", as.numeric(..p.format..)))), 
                     method = "wilcox.test", paired = FALSE)

我无法修改它以实现以下目标。在每个方面，我只想添加两个 wilcox.test p 值，一个比较 cyl=4 和 cyl=6，另一个比较 cyl=4 和 cyl=8。然后，我希望每个 p 值分别位于 cyl=6 和 cyl=8 框上方。

我喜欢使用 ggsignif 包，但我需要将此示例推断为 9 次比较，这使得 ggsignif 不太合适（比较栏占用太多空间）。

感谢您的任何建议。

【问题讨论】：

谢谢，我忘了添加“库”。现在添加到编辑版本中。

标签： r ggplot2 boxplot p-value ggpubr

【解决方案1】：

您希望将其他组与“参考”组cyl=4 进行比较。如果你使用 ref.group 参数到 stat_compare_means 它应该给你你想要的：

ggboxplot(mtcars, x = "cyl", y = "drat", fill = "cyl", 
          facet.by = "am", width = 0.5, outlier.shape = NA, 
          bxp.errorbar = TRUE, bxp.errorbar.width = 0.2) + 
    stat_compare_means(
        aes(label = ifelse(p < 1.e-4, 
                           sprintf("p = %2.1e", as.numeric(..p.format..)), 
                           sprintf("p = %5.4f", as.numeric(..p.format..)))), 
        ref.group = "4",
        method = "wilcox.test", paired = FALSE
    )

【讨论】：

哇，太棒了！出乎意料的简单。非常感谢，马吕斯。