R中的相关测试循环答案

【问题标题】：Correlation Test loop in RR中的相关测试循环
【发布时间】：2018-11-12 15:24:50
【问题描述】：

我正在尝试创建一个具有 p 值和估计值的数据框，将一个基因与许多不同的表达标记进行比较。我的 cor.test 仅在一个表达式上使用它时有效，但是当我尝试循环它时它会中断并给我这个错误“'x'和'y'必须具有相同的长度”。我想知道如何让这个循环工作并构建数据框。

下面是我在循环中运行的内容和循环的代码。

M3 <- ads$mean

Expression <- c("Exp1","Exp2","Exp3")

for (i in seq_along(Expression))
{
  corr<-cor.test(M3, Expression[i], method = "pearson")
  cor_df<-data.frame(Expression = Expression[i],pvalue = corr$p.value, 
 cor = corr$estimate)

 }

【问题讨论】：

Expression 是一个字符向量 (Expression <- c("Exp1","Exp2","Exp3"))，因此计算与 Expression[i] 的相关性没有意义。
表达式正在从我的数据框中调用数值变量的名称。进行cor测试时是否无法正常工作？当我不将它放入循环时它可以工作。

标签： r

【解决方案1】：

根据您的评论，如果 Exp1、Exp2 和 Exp3 是数据框 (df) 中的列，那么您可以使用以下内容：

corr <- cor.test(M3, df[ ,Expression[i]], method = "pearson")

【讨论】：