如何在 R 中循环 chi sq 测试

Question

我有一个包含替代和参考等位基因计数的表格。我如何在 R 中循环 chi sq 测试来为每一行运行它？我附上了我桌子的照片。我需要使用 altCount 和 refCount 列执行 chi sq 测试。

   altCount refCount
     8        6
     3        7
     4        9 

我需要每一行的 p 值。我对 R 很陌生。我想出了如何对单个行执行 chi sq 测试，但由于我有数千行，我需要创建一个循环来一次运行它。 我做到了：

bcz <- read.delim("C:/cygwin64/home/sbomb/tables/bc_z_alleles.csv")
a = bcz[1,6]
b = bcz[1,7]
c = c(a,b)
d = c(0.5,0.5)
chisq.test(
     x = c,
     p = d, 
 )

但我不知道如何为整个表循环它。你能解释一下如何详细说明吗？

enter image description here

Answer 1

对于初学者来说最简单的循环仍然是 for 循环：

d <- data.frame(a = c(8,3,4), b = c(6,7,9))
for(row in 1:nrow(d)){
    print(row)
    print(chisq.test(c(d[row,1],d[row,2])))
}

也可以这样做

apply(d, 1, chisq.test)

后者更短，并为您提供一个列表作为您的结果，这可能更适合进一步评估。