计算 AUC 和 GAM 并在 R 中设置比例

Question

我有一个数据表格如下：

x    y   chla   sst   ssha   eke  tuna
:    :     :     :      :     :     : 
:    :     :     :      :     :     :

我使用的 GAM 模型如下：

GAM

通过使用上述模型，我可以处理 chla、sst 和 ssha 的数据。但是当我处理 eke 数据时，它不起作用，R 程序告诉我“eval(expr, envir, enclos) 中的错误：找不到对象eke。有人可以帮我解决这个问题吗？

我已经安装了 ROCR 包来计算 AUC。但我不知道如何（语法）计算 AUC。有谁能帮我解决这个问题吗？

我还使用了以下命令来制作图表：

plot(GAM, xlab=..., ylab=..... font.lab= ...shade=....)

但是当我运行该命令时，结果并不是那么好。我的意思是，y 轴上的刻度非常奇怪。如何分别以 1 和 5 间隔（例如）设置 y 轴和 x 轴上的刻度？

Answer 1

由于您没有包含任何测试数据，我将使用gam 包中的测试数据来计算 AUC 并绘制 ROC 曲线。

library(gam)
library(ROCR)

#sample binomial regression    
data(kyphosis)
GAM<-gam(Kyphosis ~ poly(Age,2) + s(Start), data=kyphosis, family=binomial)

#get the predicted probabilities for each sample
gampred <- predict(GAM, type="response")

#make a ROCR prediction object using the predicted values from
#    our model and the true values from the real data
rp <- prediction(gampred, kyphosis$Kyphosis) 

#now calculate AUC
auc <- performance( rp, "auc")@y.values[[1]]
auc

#not plot ROC curve
roc <- performance( rp, "tpr", "fpr")
plot( roc )