计算 R 中的 AUC 比率答案

【问题标题】：Calculating AUC ratio in R计算 R 中的 AUC 比率
【发布时间】：2011-12-10 12:49:37
【问题描述】：

我正在为一组物种生成生态位模型，我想使用 AUC 作为生态位质量的指标。开发 Maxent 的 Steven Phillips 在他的 Maxent 手册中提供了用于在 R 中计算 AUC 的代码。但是，我正在阅读将部分 AUC 比率报告为更稳健且概念上合理的指标的论文。我想我知道如何使用 ROCR R 包计算部分 AUC，但是如何计算 AUC 比率？

这是来自 Phillips 的教程脚本：

presence<-read.csv("bradypus_variegatus_samplePredictions.csv")
background<-read.csv("bradypus_variegatus_backgroundPredictions.csv")
pp<-presence$Logistic.prediction
testpp<-pp[presence$Test.or.train=="test"]
trainpp<-pp[presence$Test.or.train=="train"]
bb<-background$logistic

combined<-c(testpp,bb)
label<-c(rep(1,length(testpp)),rep(0,length(bb)))
pred<-prediction(combined,label)
perf<-performance(pred,"tpr","fpr")
plot(perf,colorize=TRUE)
performance(pred,"auc")@y.values[[1]] #RETURNS AUC

AUC<-function(p,ind){
    pres<-p[ind]
    combined<-c(pres,bb)
    label<-c(rep(1,length(pres)),rep(0,length(bb)))
    predic<-prediction(combined,label)
    return(performance(predic,'auc')@y.values[[1]])
}

b1<-boot(testpp,AUC,100) #RETURNS AUC WITH STANDARD ERROR
b1

任何意见或建议将不胜感激！谢谢。

【问题讨论】：

标签： r roc auc

【解决方案1】：

在不知道您的数据集和应用程序的细节的情况下，

部分 AUC：仅曲线一部分下方的面积。（通常选择它是因为它更健壮或更受欢迎，就像你说的那样）
AUC 比率：一个 AUC 与另一个 AUC 的比率。（通常是某种参考）

苏...

部分 AUC 比率：一个部分 AUC 与另一个部分 AUC 的比率。

【讨论】：

那么您是说 AUC 比率并不是真正衡量一个小众模型质量的指标，而是比较具有某些特定参数变化的多个建模输出时的指标？
正确，因为我看到它被普遍使用。但是，您的领域仍然可能有一些更具体的含义。我对生态位模型一无所知，所以很遗憾我对此无能为力。无论如何，这是我通常如何使用它的示例，以防万一：drug-interactions.eu/eng/AUC.htm
好吧，你可能是对的。我想我可能误解了他们在我正在阅读的论文中试图用 AUC 比率显示的内容。感谢您的澄清！

【解决方案2】：

包 ROCR 可以使用 fpr.stop= 参数计算部分 AUC 值。正如约翰所说，该比率就是这个值除以您的参考模型的相同计算。

【讨论】：