如何在 rpy2 中使用 anova 比较模型？答案

【问题标题】：How to compare models using anova in rpy2?如何在 rpy2 中使用 anova 比较模型？
【发布时间】：2023-07-17 01:45:01
【问题描述】：

在 R 中，可以使用命令 anova(fit1,fit2) 比较两个拟合模型 fit1 和 fit2。

但是，如果我们尝试使用接口 Rpy2 类似地执行此操作，它总是会出错。单个模型的方差分析，比如 anova(fit1) 可以通过 Rpy2 计算。

使用两个时出现的错误是：

no method for coercing this S4 class into a vector.

所以，我想知道如何纠正这个问题以及如何比较 rpy2 中的两个拟合模型？

【问题讨论】：

标签： python r rpy2 anova

【解决方案1】：

你需要这些标题

 import rpy2.robjects as robjects
 from rpy2.robjects import DataFrame, Formula

那么，这对我有用：

formula = Formula('responsev ~ predictorv')
formula2 = Formula('responsev ~ predictorv2')
dataf = DataFrame({'responsev': robjects.IntVector(Y), \
               'predictorv': robjects.IntVector(X),\
                                'predictorv2': robjects.IntVector(X2)})

fit=robjects.r.lm(formula=formula, data=dataf)
fit2=robjects.r.lm(formula=formula2, data=dataf)

a=robjects.r.anova(fit,fit2)

您仍然需要弄清楚如何处理a，但这应该是次要的。

希望对你有帮助！

【讨论】：

fmla=Formula('Protein~Time+Group+Age+Gender+(1|PatientID)') ;fmla2=Formula('Protein~Group+Age+Gender+(1|PatientID)'); fit1=robjects.r.lmer（公式=fmla，数据=dataf，REML='FALSE'）； fit2=r.lmer(formula=fmla2, data=dataf,REML='FALSE') ;a=robjects.r.anova(fit1,fit2);但是，它仍然给出了同样的错误：没有将这个 S4 类强制为向量的方法
如果你使用 lm 就可以了。但是错误是在使用 lmer 时给出的。我需要使用 lmer 因为我正在尝试做一个混合效果模型。那么，是否需要为此提供任何其他命令。
您可能需要导入您的库或类似的东西。你试过了吗？