费希尔测试：如何将两个文件合二为一并执行费希尔测试

【问题标题】：fisher test :how to get two files in one and perform a fisher test费希尔测试：如何将两个文件合二为一并执行费希尔测试
【发布时间】：2015-03-18 15:24:03
【问题描述】：

我有两个文件（健康与癌症）包含转座元素类和子类（两列），但一个有 71602 行，另一个有 72500，我试图将它们作为数据框放在一个文件中以执行 Fisher 测试并查看是否有一个类别在癌症中比在健康组织中更重要，但还没有设法得到它。有谁知道如何获取一个文件并执行 Fisher 测试？

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

Fisher 检验的输入是一个 2x2 列联表。您想要的内容分别在您的两个文件中读取，然后从中生成列联表。您不需要将两个文件合并到一个数据框中。例如，你可以这样做

df1<-data.frame(health=rep("healthy", 5), TE=sample(c("A", "B"), 5, replace=T))


df2<-data.frame(health=rep("cancer", 7), TE=sample(c("A", "B"), 7, replace=T))


ctable<-matrix(c(sum(df1$TE=='A'), sum(df1$TE=='B'), sum(df2$TE=='A'), sum(df2$TE=='B')), nrow=2, ncol=2, dimnames=list(c("A", "B"), c("Healthy", "Cancer")))

ctable

fisher.test(ctable)

【讨论】：