带有 RcppArmadillo 的 R 包中的 ARMA_NO_DEBUG

Question

我想在访问 RcppArmadillo 中的矩阵元素时禁用边界检查。

犰狳的文献说

可以通过编辑文件来配置犰狳 包括/armadillo_bits/config.hpp。具体功能可以 通过取消注释或注释掉特定的启用或禁用 #define，如下所列。

但是在 R 包的上下文中，我怎样才能激活这个指令呢？

我尝试使用

创建一个config.h 文件

#ifndef CONFIG_LOADED
#define CONFIG_LOADED
#define ARMA_NO_DEBUG
#endif 

然后将其包含在我的/src 文件夹的每个 .cpp 文件中，但我不确定它是否正常工作，或者除了添加#include "config.h" 之外是否还有其他方法在每个 .cpp 文件中。

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目前我有一个 .cpp（包含主要算法的那个），其开头为：

#include "configs.h"
#include <RcppArmadillo.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;

// [[Rcpp::export]]
SEXP sample_gibbs_cpp(const arma::vec& v_n, const arma::mat& W, 
arma::vec h_n, double alpha = 1, double beta = 1, int iter=100,
double burnin = 0.5){
... code ...
}

然后其他的只是

#include <RcppArmadillo.h>

using namespace Rcpp;
using namespace arma;
... code ...

我的描述文件：

Package: mypackage
Title: What the Package Does (one line, title case)
Version: 0.0.0.9000
Authors@R: person("First", "Last", email = "first.last@example.com", role = c("aut", "cre"))
Description: What the package does (one paragraph).
Depends:
    R (>= 3.2.3)
License: What license is it under?
Encoding: UTF-8
LazyData: true
RoxygenNote: 5.0.1
Imports:
    ggplot2,
    dplyr,
    tidyr,
    rstan
LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo, RcppEigen
SystemRequirements: C++11

我编译我的包：

devtools::load_all()

Answer 1

这里的订单很重要。此#define 语句必须包含在之前包含#include<RcppArmadillo.h>

一个例子：

custom_config.h

#ifndef CONFIG_LOADED
#define CONFIG_LOADED
#define ARMA_NO_DEBUG
#endif 

example_compiled_file.cpp

#include "custom_config.h"
#include <RcppArmadillo.h>

// [[Rcpp::export]]
void test_pkg(const arma::vec& x) {

   // Should not trigger error bound checking with debug flag on.
   double my_val_protected = x(0);

   // Never triggers error bound checking
   double my_val = x.at(0);
}

注意：因为这是一个包，所以不需要使用// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]。相反，您必须在DESCRIPTION 文件的LinkingTo: 字段中指定RcppArmadillo 和Rcpp，并在Imports: 字段中包含Rcpp。您必须从Rcpp 最少导入一个函数（最好是：evalCpp）。

例如描述必须有：

Imports: Rcpp (>= 0.12.15)
LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo