从 sourceCpp 移动到带有 RcppArmadillo 的包答案

【问题标题】：Moving from sourceCpp to a package with RcppArmadillo从 sourceCpp 移动到带有 RcppArmadillo 的包
【发布时间】：2016-06-24 19:07:08
【问题描述】：

这与关于从 sourceCpp 迁移到带有 Rcpp Moving from sourceCpp to a package w/Rcpp 的包的帖子有些相关。但是，我在 Mac OS X 10.10.4 上使用 RcppArmadillo，并且无法让包正常工作。与sourceCpp配合使用的文件如下：

#include <RcppArmadillo.h>
// [[Rcpp::depends(RcppArmadillo)]]

using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
arma::mat cholcalcCpp(arma::mat& SS, arma::umat& Aadj){

  int p = SS.n_rows;
  arma::mat L(p,p);
  arma::mat D(p,p);

  L = arma::eye(p,p);
  D = arma::eye(p,p);

  return (L*sqrt(D));
}

尝试使用 R Studio 使用 Project>Create Project>Package w/Rcpp 创建新项目也不起作用，因为我一直收到错误消息，提示无法识别命令 arma。我尝试在 RccpExports.cpp 文件中添加#include <RcppArmadillo.h>，但每次我尝试构建和重新加载时，Rstudio 都会删除该行。谁能建议我如何从 .cpp 文件转到 RccpArmadillo 包？谢谢。

【问题讨论】：

DESCRIPTION 文件中有LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo 吗？
你也可以从RcppArmadillo.package.skeleton()开始。
感谢@Coatless 和@Dirk。我已经设法让它构建和加载，但现在当我尝试从 R 调用函数时出现以下错误：Error in .Primitive(".Call")(<pointer: 0x0>, S, adj) : NULL value passed as symbol address。知道是什么原因造成的吗？
我设法通过从头开始重写整个包并使用不同的名称来修复错误Error in .Primitive(".Call")(<pointer: 0x0>, S, adj) : NULL value passed as symbol address。我不完全确定它为什么会起作用。

标签： r rcpp armadillo

【解决方案1】：

有几件事可能是错误的。首先，您确实需要修改DESCRIPTION 文件以包含LinkingTo: Rcpp, RcppArmadillo，并确保#include <RcppArmadillo.h> 存在于/src 目录中的每个.cpp 文件中。您还需要包含两个Makevars 文件。

Makevars.win 和 Makevars 与：

PKG_LIBS = $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

有关设置 RStudio 以使用 RcppArmadillo 作为包的完整演练，请参阅：

http://thecoatlessprofessor.com/programming/setting-up-rstudio-to-work-with-rcpparmadillo/

【讨论】：

【解决方案2】：

这个错误基本上是你的：

尝试使用 R Studio 通过 Project>Create Project>Package w/Rcpp 创建新项目也不起作用

没有人说过“带有 Rcpp 的包”与“带有 RcppArmadillo 的包”相同。您只是误解了 RStudio 为您提供的服务。

CRAN 上有超过 200 个软件包使用 RcppArmadillo。有时最容易复制其中一个，将其剥离并从以这种方式创建的框架开始。当然，还有一个更简单且记录在案的方法：使用我们为这个用例编写的RcppArmadilllo.package.skeleton() 函数：为 RcppArmadillo 创建一个基本（工作）包。

【讨论】：