将 stri_count_fixed 与重叠 = TRUE 一起使用会返回参数数量不正确的错误答案

【问题标题】：Using stri_count_fixed with overlap=TRUE returning an error of Incorrect number of arguments将 stri_count_fixed 与重叠 = TRUE 一起使用会返回参数数量不正确的错误
【发布时间】：2014-10-29 21:05:51
【问题描述】：

今天我看到一篇关于 stringi 包的新添加的新帖子，您可以在其中将参数 "overlap=TRUE" 添加到一些 stringi 搜索函数。

这是post。

但是，我已经尝试了 bartektartanus 建议的确切代码（从安装到示例），当我运行它时，我得到一个错误 Incorrect number of arguments (3)，expected 2 for 'stri_count_fixed'

> library("stringi", lib.loc="D:/Program Files/RRO/R-3.1.1/library")
> DNAlst<-list("CAAACTGATTTT","GATGAAAGTAAAATACCG","ATTATGC","TGGA","CGCGCATCAA")
> dna <- stri_paste(rep(c("A","C","G","T"),each=4),c("A","C","G","T"))
> result <- t(sapply(DNAlst, stri_count_fixed,pattern=dna,overlap=TRUE))
Error in .Call("stri_count_fixed", str, pattern, overlap, PACKAGE = "stringi") : 
  Incorrect number of arguments (3), expecting 2 for 'stri_count_fixed'
> colnames(result) <- dna
Error in colnames(result) <- dna : object 'result' not found

我想知道这是否是因为这是新事物，还是我做错了什么。

开发工具版本：1.6
Stringi 版本：0.3-1
R 版本 = 3.1.1（RRO 8.0 测试版）
在 Windows 8.1 上运行的 64 位

【问题讨论】：

标签： regex r string dna-sequence stringi

【解决方案1】：

你可能安装错了。这种重叠有单独的分支。新的 stringi 版本 0.3 即将发布，尚未包含重叠 :) 但当我们正确测试时，它将与 0.4 版本一起发布。所以现在，从这个分支安装它：fixed_overlap

library('devtools') # call install.packages('devtools') first
install_github('Rexamine/stringi', ref = "fixed_overlap")

【讨论】：

不幸的是，我已经运行了这个确切的代码： install.packages('devtools');库（“开发工具”）； install_github('Rexamine/stringi', ref = "fixed_overlap").就像你提到的那样。我什至尝试卸载 stringi 和 devtools，它一直在安装 stringi v.0.3，还有其他建议吗？

【解决方案2】：

问题发生是因为 R 试图找到 Rtools，但它找不到。系统快捷方式错误。你需要 Rtools 来正确执行devtools。可悲的是，即使使用 Rtools 和 devtools 大声笑，当我在做一些完全不相关的事情时，我也发现了这一点......

> library("devtools", lib.loc="D:/Program Files/RRO/R-3.1.1/library")
WARNING: Rtools is required to build R packages, but the version of Rtools previously
installed in F:/Program Files/Rtools has been deleted.

从cran link 重新安装 Rtools 后，程序按预期运行。

然而，这个版本的stringi的安装用了将近半个小时才完成。

【讨论】：