R中基因组区域的维恩图答案

【问题标题】：Venn Diagram for genome region in RR中基因组区域的维恩图
【发布时间】：2015-07-09 22:37:44
【问题描述】：

您知道有时我们需要比较两个床文件的重叠或共享区域，当然我们可以逐步完成。任何人都可以分享一个R代码来为两个床文件做维恩图吗？

【问题讨论】：

您可能希望接受自己的答案以将此问题标记为已解决。

【解决方案1】：

下面的代码可以做这样的事情，但是，在某些服务器中，tiff 文件无法创建和打开。您可以在自己的笔记本电脑上使用此代码。

if(!require(VennDiagram)){source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R"); biocLite("VennDiagram")}
venn.plot <- venn.diagram(list(A = 1:150, B = 121:170),col=c("blue","red"),fill=c(1:3),lwd=2, filename="Venn_2set_simple.tiff");
venn.plot <- venn.diagram(list(A = 1:150, B = 121:170, C = 101:200), col=c(1:3),fill=c(1:3),lwd=2, filename="Venn_3set_simple.tiff");

【讨论】：

【解决方案2】：

实际上，Python 有一个用于床文件的维恩图的包，如下链接： http://pythonhosted.org/pybedtools/index.html

【讨论】：