通过 Knitr 管道 R 降价？答案

【问题标题】：Pipe R markdown through Knitr?通过 Knitr 管道 R 降价？
【发布时间】：2013-09-19 00:23:54
【问题描述】：

我从this question 发现，您可以通过这样的脚本调用Knitr：

Rscript -e "library(knitr); knit('myfile.Rmd')

但是有没有办法让它使用标准输入和标准输出而不是文件？

我尝试了几种变化

Rscript -e 'library(knitr); knit2html(text=readLines(), output=stdout())'

但到目前为止还没有任何工作。

编辑：我想最坏的情况是，我可以编写一个包装脚本，将标准输入写入临时文件，在其上调用 knitr，回显输出文件，然后删除它们。但这有点难看:(

【问题讨论】：

也许见stackoverflow.com/questions/9370609/piping-stdin-to-r。
并确保在knit() 或knit2html() 中使用参数quiet=TRUE 来抑制其他可能污染stdout() 的消息

标签： r pipe markdown knitr r-markdown

【解决方案1】：

好的，我今天又试了一次，这是一个工作脚本：

#!/bin/bash

# Hacky version of what I thought should be doable like so:
# Rscript -e 'library(knitr); knit2html(text=readLines(), output=stdout())'
# Turns out you need tempfiles for some reason?

input="/tmp/input.Rmd"
output="/tmp/output.html"
rcode="library(knitr); knit2html(input=\"$input\", output=\"$output\")"

cat /dev/stdin > "$input"
Rscript -e "$rcode" &> /dev/null
cat "$output"

你输入 R markdown 并且 HTML 出来了。忽略任何错误。

【讨论】：

【解决方案2】：

这是一个版本：

#!/bin/Rscript
library(knitr)
input <- readLines('stdin')
invisible(knit(text=input, output=stdout(), quiet=TRUE))

那么（假设脚本为knit.R，rmd文件为test.R，md转html为multimarkdown：

knit.R < test.Rmd | multimarkdown > test.html

【讨论】：