通过 knitr + pandoc 将 R 降价为 html：错误 137答案

【问题标题】：R markdown to html via knitr + pandoc: error 137通过 knitr + pandoc 将 R 降价为 html：错误 137
【发布时间】：2018-12-26 20:37:53
【问题描述】：

我有以下问题：我有一个 .Rmd 文件，我使用 Rstudio 按钮通过 knitr + pandoc 将其编译为 html。在这个 .Rmd 文件中，我按照此处描述的方法将 json 数据传递给 js 层： http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

这是因为我想将这些数据用于一些自定义 d3 视觉效果。这似乎适用于少量数据，但是当我尝试传递更大的数据时，我在从 .Rmd 编译到 html 时遇到问题；我得到的问题似乎在于 pandoc：

pandoc 文档转换失败，错误 137

我试图在网上到处寻找有关此错误消息的解释，但没有任何运气。有谁知道这个错误是什么意思？

【问题讨论】：

不是相同的错误消息，但这可能会有所帮助：stackoverflow.com/questions/34687030/…
可能是内存不足错误。见stackoverflow.com/questions/1041182/…。

标签： r rstudio r-markdown knitr pandoc

【解决方案1】：

在研究了错误之后，我仍然无法修复它。但是，我有一种解决方法，它允许将任意 json 数据注入使用 R markdown 生成的 html 报告中，而无需通过 pandoc；后者似乎不喜欢使用例如注入大量 json。

中描述的方法

http://livefreeordichotomize.com/2017/01/24/custom-javascript-visualizations-in-rmarkdown/

因为在我看来这个 137 错误与 pandoc 终止转换为 html 的过程有关，因为它需要很长时间才能终止。

解决方法非常简单：与其在 knitr 编译步骤中通过将 json 数据包含在带有 'asis' 选项的块中（如上述链接中所述）来注入 json 数据，不如将 json 数据附加到通过knitr和pandoc编译生成的html文件中的结尾。也就是说，在kitr + pandoc步骤的输出html文件中注入json数据。

假设要编译成 html 的 rmd 文件位于已安装的包中，并遵循

处的建议

Best practice for embedding arbitrary JSON in the DOM?

为了在 DOM 中嵌入 json 数据，可以使用带有如下功能的 xml2 包来实现这一目标：

create_report <- function(file, 
                          subdir, 
                          package, 
                          parameters, 
                          output_file, 
                          data_arr = NULL){
  #check file exists
  if (system.file(package = package, subdir, file) == ''){
    stop('Cannot find the .rmd file')
  }
  #first generate report
  address <- rmarkdown::render(system.file(package = package,
                                       subdir,
                                       file),
                           output_dir = getwd(),
                           intermediates_dir = getwd(),
                           output_file = output_file,
                           params = parameters,
                           clean = FALSE)
  #then append the data in the json files located in the named list
  #data_arr directly into the 
  #html after compilation if needed:
  if (!is.null(data_arr)){
  report <- xml2::read_html(address)
  report_body <- xml2::xml_find_first(report, "body")
  #adding the data
  for (i in 1:length(data_arr)){
    xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'application/json', id = 
  names(data_arr[i]), data_arr[[i]])
  }
  #Then add a script that takes the data from the script tags added above and 
  #initializes the variables.
  varnames <- paste0("var ", names(data_arr), " = 
  JSON.parse(document.getElementById('", names(data_arr), "').innerHTML);",
                   collapse = " ")
  xml2::xml_add_child(report_body, "script", type = 'text/javascript', id = 
  'external_json_init', varnames)
  xml2::write_html(report, address)
}
return(address)
}

在上面的函数中，data_arr应该是一个命名列表，其元素是json字符串，例如通过使用jsonlite::toJSON转换R对象，其名称是用于存储数据的变量名javascript层。通过这种方式，可以将任意大小的 json 注入到 R markdown 生成的 html 中，由 javascript 进行操作。

【讨论】：