【问题标题】:R how to combine data from a for loop in one txt fileR如何将来自for循环的数据组合到一个txt文件中
【发布时间】:2012-02-24 13:32:34
【问题描述】:

我有一个循环

for (chr in paste('chr',c(seq(1,22),'X','Y'),sep='')){
.
.
write.table(exp,file="list.txt",col.names =FALSE,row.names=TRUE,sep="\t")
 }

现在循环只会给我一个包含上一个循环(染色体 Y)的数据的 txt

我想要的是一个包含所有染色体/所有循环数据的 txt 文件。不是 24 个不同的 txt(每个染色体一个)

谢谢

最好的问候 安娜

【问题讨论】:

  • 你使用append=FALSE有什么原因吗?此外,如果您首先使用您的数据创建一个data.frame,然后使用单个write.table 将您的数据保存到磁盘,您的代码将会更好(更快)。
  • 那段代码只是一段大代码......所以我只需要一种方法来制作一个包含所有循环重复数据的 txt 文件......追加错了吗?

标签: r for-loop text-files


【解决方案1】:

你还没有意识到'append'默认设置为FALSE,如果你想记录每个'exp'对象,你需要明确地将其更改为TRUE(顺便说一下,这是一个不幸的名字对于数据对象,因为它由通用数学函数共享)。如果您设置 append=TRUE 并且每次调用 write.csv 时“exp”-object 是一条染色体的完整记录(希望有一个 'chr'-identifier 列,这样您就可以跟踪数据的来源from),那么你应该成功了。

【讨论】:

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