gplots 中的 R heatmap.2 - 传递树状图时无法复制绘图：答案

【问题标题】：R heatmap.2 in gplots - can't replicate the plot when dendograms are passed:gplots 中的 R heatmap.2 - 传递树状图时无法复制绘图：
【发布时间】：2013-11-11 02:50:13
【问题描述】：

我正在尝试通过 heatmap.2 生成图，但想了解聚类是如何完成的。所以，我试图在函数调用之前复制树状图，并用这些进行绘图。然而，最终的数字是不同的。有什么线索吗？

热图 1：

h<-heatmap.2(dat,col=redgreen, trace="none",
          xlab="Samples", ylab="Genes" ,scale="none" )

对比

热图 2：

Rowv <- hclust( dist(dat))   #defaults to  method="euclidean" and method="complete") 
Colv <- hclust(dist(t(dat))) #same as above

heatmap.2(dat, Rowv=as.dendrogram(Rowv), Colv=as.dendrogram(Colv),
          col=redgreen, trace="none",
          xlab="Samples", ylab="Genes",scale="none" )

这两个会生成不同的热图。有什么线索吗？

【问题讨论】：

标签： r cluster-analysis heatmap

【解决方案1】：

试试

Rowv <- as.dendrogram(hclust(dist(X)))

也许as.dendrogram 在这里有所作为。 R 仍然是一团糟^W^W 对我来说是个谜。

【讨论】：

【解决方案2】：

我来晚了，但我会努力的。我不知道heatmap.2，但默认情况下热图会重新排序树状图。

要获得与不提供预先计算的树状图时得到的结果完全相同的结果，您必须说（对于行树状图）：

Rowv <- hclust( dist(dat))
Rowv <- reorder(as.dendrogram(Rowv), rowMeans(dat)) # reorder by the row means of dat <br/>

heatmap(dat, Rowv=Rowv, Colv=Colv=as.dendrogram(Colv),col=redgreen, trace="none",xlab="Samples", ylab="Genes",scale="none" ) 
# leaving everything else as in your original message

【讨论】：