【发布时间】：2017-04-24 12:27:27
【问题描述】：
这是我的 graphNEL 对象
>mergedPathways_d
A graphNEL graph with undirected edges
Number of Nodes = 41
Number of Edges = 102
我试过coerce。它没有成功。
它要求预先定义矩阵，而 To 和 From 没有正常工作，我在我的 adj 矩阵中将 NA 作为条目
我尝试使用edgeL。它没有成功。
我得到的边缘列表有数字作为边缘，而不是基因的名称。而且我不知道如何将基因映射到这些数字上。
我尝试使用igraph.from.graphNEL 将其转换为igraph，然后使用as_adjacency_matrix。它没有成功。 我得到一个 dgCMatrix 而不是具有可访问行和列的普通矩阵，我也无法将其转换为数据框。
所以现在一个邻接矩阵 (41 x 41) 的行和列是来自 graphNEL 对象的 41 个基因名称。或具有 2 列和 102 行的边缘列表。每条边在一行。
任何帮助将不胜感激。尝试从 KEGG 中提取数据已经一整天了，现在尝试将其处理成所需的形式以供进一步应用。
谢谢！
【问题讨论】：
标签： r graph adjacency-matrix r-package