将链接矩阵转换为邻接矩阵

Question

给定：来自层次聚类的链接矩阵（例如单链接） 想要：来自该链接矩阵的邻接矩阵

在 python（例如 networkx 或任何其他库或方法）中，这个目标是如何实现的？因为我不认为我是第一个遇到这个问题的人，所以我希望有一些配方/库函数可以解决这个问题

Answer 1

Networkx 具有 nx.to_pandas_adjacency 函数，该函数返回带有给定图的邻接矩阵的 pandas 数据帧。您应该从链接列表创建一个 networkx 图，然后将其转换为邻接矩阵：

import networkx as nx

links = [
    (1, 2),
    (2, 3),
    (1, 4),
    (1, 3),
    (4, 5),
    (1, 5)
]

G = nx.Graph()
G.add_edges_from(links)
nx.to_pandas_adjacency(G)

    1       2       3       4       5
1   0.0     1.0     1.0     1.0     1.0
2   1.0     0.0     1.0     0.0     0.0
3   1.0     1.0     0.0     0.0     0.0
4   1.0     0.0     0.0     0.0     1.0
5   1.0     0.0     0.0     1.0     0.0