方过渡矩阵的计算答案

【问题标题】：Calculation of square transition matrix方过渡矩阵的计算
【发布时间】：2014-01-16 16:18:09
【问题描述】：

我想计算状态 p(=previous) 和 n(=next) 之间的平方非归一化（= 频率）转换矩阵。我试过以下脚本：

p <- c("S1", "S1", "S2", "S3", "S4")
n <- c("S2", "S2", "S3", "S4", "S5")
d <- data.frame(fprev=p, fnext=n)
counts <- table( as.data.frame( d ))

计数如下：

     fnext
fprev S2 S3 S4 S5
   S1  2  0  0  0
   S2  0  1  0  0
   S3  0  0  1  0
   S4  0  0  0  1

这与我想要的非常接近，但我想获得类似的结构，只是 fnext 和 fprev 的值都是 S1 S2 S3 S4 S5 （我已经尝试将 dnn 参数设置为 table 和 deparse.level，但它们似乎没有帮助）

所以预期的输出在列和行方向上都应该有 S1 S2 S3 S4 S5（自然会有更多的值 0，例如 fprev 中没有 S5 状态）

【问题讨论】：

标签： r function matrix transition

【解决方案1】：

为了使表格中的所有级别都为零，您应该将 fprev 和 fnext 设置为具有相同级别的因子，就像这样

p <- c("S1", "S1", "S2", "S3", "S4")
n <- c("S2", "S2", "S3", "S4", "S5")

lvls <- sort(unique(c(p, n)))

d <- data.frame(
    fprev = factor(p, levels=lvls),
    fnext = factor(n, levels=lvls)
)

counts <- table(d)

现在你的counts 表应该是你想要的样子了。

fprev S1 S2 S3 S4 S5
   S1  0  2  0  0  0
   S2  0  0  1  0  0
   S3  0  0  0  1  0
   S4  0  0  0  0  1
   S5  0  0  0  0  0

【讨论】：